具中共官方背景的「清華海峽研究院」，在新竹清華大學成立在台分支機構「新竹辦公室」，被教育部認定違反《台灣地區與大陸地區人民關係條例》，並發函各大學注意，引發台大校長管中閔批評「政治介入兩岸學術交流」。行政院長蘇貞昌今（16）日對此表示，政府非常尊重學術自由，但中共組織在台灣的大學裡設立分支機構，國人不會容許。 

教育部長潘文忠日前在立法院備詢時表示，已要求校方把已租用辦公室立刻撤離，也已函知所有學校，與中共黨政軍相關合作就是觸法，也會全面盤點各大專院校是否有類似情況，但管中閔認為，政府應該尊重學術交流。

蘇貞昌上午前往立法院備詢前受訪指出，政府非常尊重學術自由，但是中國共產黨任何組織要在台灣、在大學裡面設立分支機構都不被容許，國人也不會接受，也要依據法律進行，民主國家也是法治國家，都必須要依法行事。