國立清華大學校友會被爆出涉違法設立「清華海峽研究院」，在清大成立「新竹辦公室」攬才，為大陸從事技術研發、攬才及投資等業務。甚至沒向教育部申請，直接透過「自強工業科學基金會」向在清大校內設立辦公室，涉及違反《兩岸人民關係條例》。對此，清大表示，此機構不屬於校方，未曾知悉或參與運作。

據《自由時報》報導，國安單位掌握，台灣清華大學校友會與中國廈門市政府、北京清華大學共設「清華海峽研究院」，在未經官方許可下，違法於新竹清大校內設立「清華海峽研究院新竹辦公室」，為總部在台從事技術研發、攬才、投資等業務，涉違反兩岸人民關係條例。

對此，清大今（8）日向中央社記者提供新聞資料回應，「清華海峽研究院」為部分校友成立的服務校友推廣教育及創業機構，是向財團法人自強工業科學基金會轉租在學校的空間作為辦公室，而此機構非屬清華大學，校方未曾知悉或參與其中運作。新聞資料中，自強工業科學基金會董事長盧崑瑞指出，據他所知，「清華海峽研究院」已有相當長一段時間未曾運作，今年底租約到期後，也不再續租空間。

清華大學校友總會也在新聞資料中表示，校友總會並未與「清華海峽研究院」有任何接觸與合作，相關活動未知會或邀請參與，校友受邀出席為個人行為，會內並不知悉。