因疫情關係，華航疫苗載運數量大增，根據資料顯示，今年 1 至 7 月華航承載之溫控櫃數量，較去年同期增加 220 %。華航表示，今年多次承接台灣自購疫苗載運任務，再加上成功爭取到轉口疫苗商機，近期順利完成多次新冠疫苗轉口運送；並隨全球貨運需求提升，後勢持續看好。
華航是全球航空貨運主力業者之一，也是台灣首家獲得國際醫藥品冷鏈運輸認證CEIV的航空公司，貨運團隊專業備受國際肯定，今年多次自盧森堡、荷蘭阿姆斯特丹、泰國曼谷、美國孟菲斯等地，運回台灣所需的莫德納及AZ疫苗；並發揮綿密航網的優勢，協助載運其他國家訂購的疫苗，自台灣轉運至目的地，完成多次疫苗轉口至亞洲國家的運送，在國際疫苗配送上扮演樞紐角色，執行全球新冠疫苗運輸的重要工作。
根據國際航空運輸協會（IATA）統計資料，華航在國際航空貨運維持領先地位，承載貨運量持續成長。華航 2020 年承運 155 萬噸貨物，較 2019 年成長 12.8 %，國際航空貨運量全球排名躍升至第5。在國際酬載貨物延噸公里（FRTK）方面，華航 2020 年載貨量 6,317 百萬延噸公里，較前一年成長 18.4 %，全球排名第 10。
華航表示，貨運人員確保每一段運送流程順暢銜接，為特定疫苗或藥品提供穩定、安全的溫度環境，監控冷鏈運送每個階段醫藥品所需維持的溫度，並嚴格執行溫控貨櫃採最後裝載、優先卸載及進倉，航程期間貨艙全程溫控，用最嚴謹的標準提供穩定、安全的載運環境，力求疫苗或藥品以最高品質抵達目的地。
華航指出，下半年華航將持續以貨運為重心，積極爭取急貨及貨運加班機、包機需求。而歐美及澳洲市場即將邁入傳統旺季、西方國家陸續解封，以及各國持續推動刺激經濟方案氛圍下，需求面看好，海轉空效應仍將持續發酵推升航空貨運運價可望維持高檔，雖然疫情仍然嚴峻，但整體營運情況將樂觀。
