國民黨立委林奕華9日指控，食藥署利用衛生單位第一線防疫人員的名義，將「疫苗生產及疫苗倉儲物流人員」共2335人列為第二類疫苗接種名單，施打人數竟比整個食藥署加疾管署的施打人數還多，而且不願提供名單，形同黑箱特權疫苗。疾管署發言人莊人祥則回應，經專家評估，這些人一旦群聚感染武漢肺炎，將影響全台接種進度，所以造冊打疫苗。

林奕華提到，7月初就已詢問衛福部，「疫苗生產及疫苗倉儲物流人員」被列為第二類優先接種對象，當中有哪些疫苗廠、各有多少人？食藥署遲未提供名單，也未說明無法提供的理由。食藥署主秘李明鑫說明，該名單由疾病管制署負責造冊，應該要跟疾管署索取。莊人祥表示，疾管署若有接獲立委要求提供「疫苗生產及疫苗倉儲物流人員」的造冊接種名單，會依法處理。

莊人祥指出，被列為第二類優先接種對象的「疫苗生產及疫苗倉儲物流人員」都在半夜包裝和運送疫苗，若在運送疫苗過程有任何人感染且造成群聚，將會影響疫苗運輸，這樣一來「全台都不用打疫苗了」，因此衛生福利部傳染病防治諮詢會預防接種組（ACIP）開會評估他們需要打疫苗，接種名單都有經ACIP委員通過。

此外，有傳言稱食藥署一千多人早就可以打AZ疫苗，卻遲遲不去接種，一直等到後來莫德納疫苗開打後，全跑去打莫德納疫苗，李明鑫澄清，食藥署造冊是打AZ疫苗，但有些人自行上網意願登記莫德納疫苗，這部分不清楚有多少人，食藥署沒有特別統計。