行政院政委唐鳳規劃的疫苗登記預約系統上線後，疫苗接種轉由中央主導，台北市長柯文哲卻怪中央接手後反而變慢，還自爆北市府有1.3萬劑疫苗快過期。指揮中心發言人莊人祥回應：「打不完我們來幫忙打。」並說明，因為莫德納需解凍才會有快到期的問題，指揮中心已決定未來地方莫德納若有屆效問題，將於到期前4天由中央收回，安排給第七類專案對象接種。
柯文哲今（23）天在北市防疫記者會上提到，以前常說台北市打疫苗打太慢，後來每天被媒體攻擊，所以疫苗發下來就很認真在打，結果打到最後，台北市變成全國打最多的，柯文哲抱怨：「現在政委唐鳳設計的疫苗預約系統上線，他們自己打，全部他們自己控制，就不干我們的事，結果疫苗剩一大堆」。
柯文哲還爆料，自己前幾天看台北市庫存，有20萬劑快要過期，也不曉得怎麼講，只能呼籲中央趕快把事情做好。不過市府後續更正，台北市政府發言人陳智菡先表示為柯文哲口誤並補數字，後又收回，在LINE群組再發出時已無口誤兩字。陳智菡稱，有部分中央專案之疫苗即將過期，北市府已通令各醫院盡速接種。中央配發至北市疫苗，至22日止尚有13萬9000劑。
對此，莊人祥指出，現有COVID-19疫苗有效期限其實都很長，之所以有過期的問題，主要是莫德納疫苗解凍後，只能存放30天，扣掉解凍2天就只剩28天；依照期程推算，29日會有一批解凍莫德納到期。莊人祥說：「打不完我們來幫忙打。」並指，指揮中心已經決定，未來地方若有莫德納屆效問題，將於到期前4天由中央收回，安排給第七類專案對象接種。
對於柯文哲質疑疫苗平台上線後，施打速度變慢的問題，莊人祥強調，這是考量要全國性提供民眾接種疫苗，目前運作三輪都屬順暢，而且還創下單日28萬餘劑的接種新高紀錄。現階段一週可以提供140萬到150萬左右的接種量能，這週可能因颱風緣故，導致部分縣市接種速度放慢。若地方認為有改善空間，可以提供意見，再來進行改善。
