有關監察院國家人權委員會今（14）日召開「林水泉遭受國家行政不法侵害人身自由案」調查報告公布記者會中提及，因為該案係屬「行政不法」遭促進轉型正義委員會退回，無法平反一事。促轉會下午回應指出，已於今年5月11日函送行政院「促轉條例部分條文修正草案」，若修法通過，該會將給予當事人確認行政不法證明，該會也將同步提出「威權統治時期國家不法行為被害者權利回復條例草案」，被害人或其家屬即能此條例向國家求償。
促轉會指出，林水泉案乃統治者為壓制批判政治的言論，恣意以草率的流氓管制措施，剝奪異議者的人身自由，但流氓管制措施是由治安及警察機關依違警罰法及戒嚴時期取締流氓辦法做成，沒有刑事有罪判決，依目前促轉條例規定無法平復。
但該會已於今年5月11日函送行政院「促轉條例部分條文修正草案」，其中，增訂平復「行政不法」之要件：「威權統治時期，政府機關或其執行職務之公務員為達成鞏固威權統治之目的，違反自由民主憲政秩序，所為侵害人民生命、身體、人身自由，或剝奪其所有權之處分或事實行為，促轉會依職權或申請確認不法，藉以平復行政不法。」例如：治安機關或警察機關沒有法院的裁判，就直接以流氓的名義將被害者送到特定地點施以矯正；林水泉案即屬此類。
促轉會進一步指出，若「促轉條例修正案」通過，政府對於應平復不法之案件，將給予當事人確認行政不法證明。另外，該會也將同步提出「威權統治時期國家不法行為被害者權利回復條例草案」，此案若通過後，被害者或其家屬即能依此條例向國家請求賠償。
另外，促轉會說明，關於小琉球「原臺灣警備總司令部職業訓導第三總隊」（後稱職三總隊）的遺址保存，該會認同將其遺址指定為「不義遺址」，對於轉型正義意涵的重要性，除了遺址之外，當年政治案件當事人每日到海邊搬石頭、以牛車運石頭走山路、與民間買賣石頭的歷史勞動路徑與地景，也是未來可予以保存與紀念之重點。該會已積極規劃、推動不義遺址保存法制化，俾以促進歷史真相還原、威權統治時期統治者大規模侵害人權事件發生地之保存等轉型正義工作可以永續進行。
至於職三總隊遺址目前為促轉會盤點在列的潛在不義遺址，其現況為主要建物已拆除，尚有少許遺構位於私人土地上。該會已函請相關機關提供相關文史案卷、工程書圖、房建物卡等史料，並委託專業團隊進行歷史圖資蒐整，目前遺址範圍的研究工作，需要更多相關資料的收集，以利進一步確認。
