簡訊實聯制自5月19日推出至今，實際成效仍受到質疑。澎湖縣衛生局坦言，曾請教中央流行疫情指揮中心要如何在疫調中讓簡訊實聯制發揮作用，得到的答案卻是資訊龐大，相關方式仍在研議中；高雄市衛生局也有疫調人員曾要求指揮中心提供個案簡訊實聯制的資料，但有時速度很慢，對於疫調的幫助有限。
政府自5月19日推出簡訊實聯制後，民眾進出店家都必須掃瞄QR碼，以協助疫情調查，但制度上路之後，陸續有民眾PO文反映，曾目睹他人不依照規定掃描QR碼，甚至發生過有消費者拿信用卡簡訊混淆店員的事，甚至還有詐騙集團偷換QR碼圖紙，利用簡訊實聯制誘騙民眾上鉤。
根據《聯合新聞網》報導，澎湖縣衛生局指出，5月底澎湖出現首起本土確診個案，當時就向指揮中心詢問，要如何在疫調中讓簡訊實聯制發揮作用，結果得到的答案是資訊龐大，相關方式仍在研議中；此外，高雄市衛生局也有疫調人員透露，曾要求指揮中心提供個案簡訊實聯制的資料，但有時速度很慢，對於疫調的幫助其實有限。
對此，有網友將相關文章轉分享至PTT八卦板討論，許多網友留言呼叫行政院政務委員唐鳳「出面解釋一下」，並表示：「該不會沒建手機、店家時間交叉索引吧？」、「有心人真的只要裝一下就閃過了」、「建構一堆資料，結果沒本事整理、讀取跟使用？」
根據國家通訊傳播委員會（NCC）28日公布的統計資料顯示，從5月19日至6月27日，全國簡訊實聯制累計共發送6億1945萬6723則，由於依照規定資料只能保存28天，目前已經刪除5月19日至29日之間的資料，共計1億2470萬8848則簡訊。而簡訊實聯制預算編列新台幣8億元也挨批是「趁火打劫」。
NCC回應，8億元是給電信業者統包處理所有業務，是用非常保守方式估算而來，以電子發票來推估1年約80億則簡訊，1則簡訊算下來是0.1元。而這些都是保守算法，都只有用簡訊量來估算，還沒算其他整個建置、營運、儲存、調取等作業費用，也都還沒考慮到沒開電子發票的店家及一般公共場所。
