首批15萬劑莫德納疫苗5月28日抵台，台北市長柯文哲日前在內部會議對於北市醫護不打AZ疫苗感到不滿，嗆若醫護不打AZ疫苗，就不配發莫德納疫苗。不過，中央表示，7.5萬莫德納疫苗將直接配送到全國各醫療院所，供第一類醫護施打。柯文哲今（9日）說，由中央直接送到醫院，「這也是個問題」。他認為，現在直接越過他（給醫療院所疫苗），「其實醫院也不怕柯文哲啊」。柯更抱怨，因為疫苗很少，變成稀有資源，大家就會斤斤計較、台灣話叫「想空想縫」。
台北市政府下午召開疫情相關記者會，對於中央直接配發莫德納疫苗給醫療院所，柯文哲表示，這批由中央直接送到醫院，這也是個問題。他知道中央有個困境是疫苗什麼時候要進來也不確定。
柯文哲直言，坦白講，施打疫苗的生產線，從頭到尾一直很難設計，因為也不能說今天準備要打5萬人容量，結果疫苗才來1萬，一開始他就設定計畫，由醫院打第一線；第二線是12個行政區的健康中心，再加上打疫苗的合約醫院；第三線才是開放大型場館，包括先前講過的花博、小巨蛋這一類，這也是個困擾。
柯文哲提到，他當時很生氣說若醫院不打AZ疫苗，「不打完，我莫德納不給你」，結果中央bypass（越過）他，「其實醫院也不怕柯文哲啊」，這很多都是問題，看怎麼解決，他也沒特別意見，事情可以做好就好。主要問題還是疫苗不夠，因為若疫苗夠，這哪裡是問題？
柯文哲說，就是因為疫苗很少，變成稀有資源，大家就會斤斤計較、台灣話叫「想空想縫」，這就是問題嘛。
至於新北、高雄表態將優先把莫德納留給過去還沒打的醫護人員，北市是否跟進？柯文哲回應，目前莫德納是直接分到醫院，應該也算是第一類人員打，至於怎麼打，他不曉得，應該照中央標準，到現在為止還沒打AZ的要打。
柯文哲認為，原則上照顧防疫專責病房的先打，那還是有一定的死亡率，沒有打疫苗的就不要去照顧病房，不然等於「不戴鋼盔上戰場」，雖然莫德納現在有發給各醫院，各醫院要管控好，「不要拿去當人情！」還是以照顧第一線，有實際防疫專責病房的那些醫護人員，過去AZ沒打的，可以趕快打。
