配合三級警戒延長至6月28日，台灣高鐵公司宣布，自6月16日（三）起將持續實施第二階段短期班表，每週開行共556班次列車，維持全車對號座，各車站營業時間提早至晚間23:30收班。若旅客行程受影響，乘車日於三級警戒期間內，可自票面乘車日起一年內，辦理退票免收手續費。
旅客購票已領取實體高鐵車票（含便利商店紙票）者，乘車日於三級警戒期間內，均可自票面乘車日起一年內，持實體車票至高鐵各車站窗口辦理退票，免收手續費；此外，旅客購買去回程車票，其中單程乘車日期如非三級警戒期間內，仍可同時攜帶去、回程車票，至車站窗口辦理退票，一併免收去回程退票手續費。
因應延長第二階段短期班表部份班次更動取消，高鐵公司將針對購買被取消車次車票且有留下聯絡方式之旅客，主動透過電子郵件或簡訊發布通知，並將依旅客需求協助辦理退票或改訂其他車次。若旅客未及於乘車前改訂其他車次，站務人員將於現場協助退換票或改搭當日最近車次繼續行程。
高鐵公司表示，調整後各車次（含部份增開車次）將於6月9日凌晨零時起全面開放預售，請旅客提早訂位購票、預先規劃行程。使用定期／回數票的旅客，高鐵提醒，因應暫停自由座服務期間延長，高鐵公司已規劃「對應展延並加贈效期」以及「彈性退票」二項措施，敬請旅客依照個人需求評估選擇最適方案，規劃票卡運用方式。
第二階段短期班表實施期間，每小時仍維持至少南下、北上各2班次列車的旅運服務，分別為1班停靠「南港-台北-板橋-台中-台南-左營」之直達班次列車以及1班停靠沿途各站之列車；為積極加強防疫，各車次將採擴大「類梅花座」配位方式，配位邏輯由縱向間隔2到3排擴大至3到4排座位，隨訂位旅客增加再逐漸填補空排，以達到非尖峰時段座位安排更分散之目的，上車後如發現座位過於擁擠，可通知列車長視現場狀況妥適調整座位。
