連江、澎湖、金門縣政府分別在5月31日、6月1日公告入境旅客須全面接受抗原快篩，指揮中心陳時中今（1）日表示，此公告已經違反傳染病防治法第37條第3項的規定，「在中央流行疫情指揮中心成立期間，應遵照指揮中心指示辦理」，因此將發函撤銷該公告。
陳時中指出，他了解離島是擔心有確診病例入境，因此指揮中心昨（31）日也宣布，會在飛往金門馬祖澎湖的航站設立5個篩檢站，想登機飛往離島的旅客皆要填寫健康聲明書，聲明自己14天內有無症狀，14天內若有症狀者就必須接受篩檢，若呈陽性便不能上飛機。
再者，若當場有症狀的人，是完全禁止搭機。陳時中認為，這和全面篩檢的強度相同，「因此在離島的部分，是不需再另行規定」，會盡速將快篩站建立起來。
但這似乎跟離島縣市的「全面強制快篩之訴求」有所落差，陳時中也說明，他擔心全面快篩後，偽陰性、偽陽性會造成一種假性的安全感，對於過往的病史、症狀沒有配合一起看的話，還是有很大的風險；另外，若是到了離島機場才做快篩，航行的過程中也會有風險，「因此我們還是在本島設立關卡，讓飛行更安全，這樣的方式比較有保障」，且健康聲明書是有法律效果的。
