武漢肺炎疫情當前，在全民努力抗疫的這段期間，卻有媒體把中央流行疫情指揮中心抹黑為「恐怖的國家機器」，謾罵指揮中心刻意鎖定有萬華足跡的60萬民眾進行分析，並要求台灣電信業者幫忙列出可能的「萬華高風險族群」再進行健保卡註記，該媒體甚至還批評指揮中心連對在台的外籍人士其手機瀏覽的網頁紀錄都不放過，造謠指揮中心把這些外籍人士和萬華人「貼標籤」。然而，事實根本不是特定媒體所報導的這樣。
首先，指揮中心只是單就萬華高風險的族群進行兩次數據分析，這其實跟過往從國外回來的民眾需要在健保卡上註記旅遊史一樣，早已不是特例，這樣的好處在於，此類型的民眾往後若有需要診療，不僅可以提供醫療院所更有效的判斷，也利於轉診或轉檢。而從去年的防疫工作開始，只要有遇到比較多人數的確診時，指揮中心也會做相關的數據分析，藉此找出潛在風險，如同去（2020）年的鑽石公主號也有發布過簡訊來通知、提醒民眾注意健康；聚焦回此次萬華的高風險對象，指揮中心所做的兩次數據分析，第一次所發出的60萬封簡訊完全用於提醒民眾要做好防疫、注意身體健康，第二次則為分析更具感染風險的對象，發出約15萬通的簡訊再次提醒防疫細節，而這些皆是防疫重要的環節，現在卻遭有心人士解讀為「貼標籤」，實在令人哭笑不得。
別忘了，健保卡註記一事可是連一向與中央唱反調的國民黨地方執政團隊都認可執政黨的做法，去年敦睦艦隊染疫一事，台中市衛生局長曾梓展便曾表示，「台中市確診個案到診所就醫，因健保卡無法顯示旅遊史，造成醫師因防護不足，診所停業且須隔離，恐成防疫漏洞。」台中市衛生局更在曾梓展的代表下認為，一旦敦睦艦隊的官兵上岸或在外國國土接觸，則「健保卡就應有註記」，這將有利防疫及疫調。因此，「健保卡註記」無論是在台灣民間、政黨之間皆已形成共識，實在不知道將指揮中心抹黑成「恐怖國家機器」的媒體居心何在？
此外，指揮中心其實非常清楚保護網路個資的安全性，以及知道數位隱私防護是現在民眾都相當重視的一環，以外籍人士舉例，鑑於上述，指揮中心僅要求電信業者分析「針對曾經出入高風險地區之『外籍人士』其『手機瀏覽網頁』及『曾經活動地區』」，並以發簡訊及投放廣告等兩種方式，雙管齊下的提醒這些外籍人士留意自身健康並即時聯絡衛生單位。」說穿了這其實就是一般的網路廣告投放而已，實務上指揮中心根本沒辦法觀看、也沒有必要觀看民眾的瀏覽網頁，充其量就只是分析Cookie和Facebook的片面資料以投遞注意自身健康的廣告。此方法跟Google等科技公司「分析民眾造訪網站所建立的歷史檔案，並投放適合廣告」相似，指揮中心更是只將該模式應用在宣導特定的防疫須知上，針對外籍人士，也請五大電信業者幫忙做防疫廣告投放、發送特定外語的防疫須知。指揮中心在注重隱私權及個資的做法下，又同時把防疫工作盡可能的做到盡善盡美，結果特定媒體竟然還有臉不實攻擊，這若不叫抹黑，什麼才是抹黑？
目前已進入本土防疫的關鍵階段，政府與民間皆齊心對抗武漢肺炎疫情，此時不求特定媒體多麼肯定指揮中心的抗疫表現，只求不要續扯後腿、故意以誤導的資訊激起民眾的不滿，最後間接造成台灣社會的對立分化。
