中央疫情指揮中心宣布全國第三級警戒延長至6月14日，交通部民用航空局表示，所有國內線機場維持相關防疫作為，包括內候機室禁止飲食、減少進出口並採實聯制等。同時也協調航空公司，維持國內線所有航班退票免收手續費。

民航局指出，指揮中心於5月19日宣布防疫升級後，所有機場已立即減少進、出口，且均採實聯制，進出人員需持通行證或透過QR系統登錄。此外，各處機場內之餐廳用餐亦均採實聯制，餐廳內依規定設置隔版提供餐飲，內候機室則全面禁止飲食。

民航局也已協調各航空公司，延長國內線所有航班，旅客於辦理退票時免收手續費，此一措施暫訂執行至6月14日深夜24點止。

民航局提醒，各機場與所有航班清消要求均會持續加強辦理，除旅客報到（包含自助報到機）、行李託運及貨物交寄櫃檯等處所提高清消頻率，機坪接駁車及扶梯車於每趟次執行載客任務後均執行清消；民航局也請業者宣導旅客於登機前上廁所，並由航空站加強廁所清潔，國內線機上廁所原則不開放使用，但旅客如因生理因素仍有如廁需求，則由空服員於每次旅客使用後進行清消。