台北市長柯文哲日前提議應調整新冠肺炎疫苗接種順序，讓航空機組員改列第一順位，遭中央疫情指揮中心專家小組諮詢委員、台大感染科醫師李秉穎打臉，指柯的建議「會被國際笑死」。新北市長侯友宜今(7)日與柯同場出席「2025雙北世壯運動組委會成立大會」，會後接受媒體訪問談及此事，侯緩頰表示，柯文哲是善意提醒，防疫過程隨時都會發生危機，既然看到了問題就要趕快調整步伐，不要讓防疫出現漏洞。
侯友宜表示，面對防疫，過程中要不斷調整步伐，因為危機隨時會發生，中央制訂的SOP不可以是一成不變的，今天哪個地方突然有高風險已經染疫很嚴重，而且可以看到那是危機，就要趕快調整，包括疫苗施打的順序，「危機沒有固定說1就是1、2就是2，沒有那回事」，狀況在哪裡就要立即處理，發現問題要趕快面對、解決，「中央訂施打順序，我們地方首長除了尊重，如果看到問題出來了，我們就要趕快做好調整步伐。」
侯友宜說，柯市長也是善意提醒，因為柯比較在乎規矩在訂的當中也要多聽專家學意見，尤其專家學者幾乎每天都在開會，針對不一樣的危機，要採取不同的策略跟方向，希望中央面對狀況，聽聽專家學者意見，做一個總和性判斷後 ，大家就全力以赴，用一樣的標準、一樣的方式做嚴格的檢疫，不要讓防疫有漏洞。
對於陳佩琪昨日在臉書貼文中提到「怕航空公司倒閉才把檢疫期減為3天」的作法是否才會淪為國際笑話一事，柯文哲說，要改3天也不是不行，但相關的動線跟管制辦法、以及打疫苗的順序也都要有所變更，「遇到問題也有變通的辦法，但變通的辦法還是給專家看過一遍。」
柯文哲還說，他最擔心就是政治凌駕專業，對於中央現行的防疫措施，他也提出三個質疑，華航跟長榮為何是不同標準？華航跟其他航空公司的標準一樣嗎?每一次變動規則，有沒有專家背書?「這問下去，他一定倒的。」
