白色恐怖時期一度被以叛亂罪起訴判處死刑、後來大難不死的陳菊，踏入政壇20餘年，現為監察院長兼國家人權委員會主委，因過往曾遭受威權統治迫害，她表示會接下這份工作，是在經歷過起起落落的人生後，想回歸到她從政初衷：「希望活著沒有恐懼」。陳菊盼望能釐清白色恐怖時期的三大懸案，每個人不必在恐懼中成長、每個人都有基本尊嚴。
陳菊最關心的三大懸案分別是雷震回憶錄焚毀案、林宅血案、以及美麗島事件時是誰出賣施明德，將其藏身處告密給當時的政府。雷震在他入獄期間寫下了400萬字回憶錄，但出獄後被強行沒收、焚毀，陳菊表示，政府應該將這些歷史文件交還給國史館。
而超過40年，至今仍懸而未決的林宅血案，去年促轉會公布調查報告，報告揭露，兇手案發後曾使用林宅的電話，但該通話的監聽錄音帶事後遭銷毀，有當時國民黨政府當局直接涉入的嫌疑。陳菊表示，現在是民進黨執政，歷史真相應該要交代清楚。
最後一件事，是當時美麗島事件政府大抓捕黨外人士時，有人出賣施明德，將其藏身之處告密給政府，領走500萬元高額懸賞金，陳菊透露，她在促轉會看過施明德被監控的檔案，其中有些文件裡的名字是用代號。
日前施明德宴請當初協助他藏匿的人時，陳菊也一一比對代號和這些人，「是誰出賣施明德，呼之欲出」；陳菊表示，事發至今超過40年，應說出是誰領走那筆錢，不是為了要報復，但社會要有是非公道。
陳菊認為，在美麗島事件中，協助施明德藏匿一事較少被人討論，但她認為這在台灣歷史上有重要意義，因為長老教會有少數的人冒著跟施明德同罪的危險，沒有被威權政府的高額懸賞金收買，「比8位受到軍法審判的人更勇敢」。
