衛福部桃園醫院爆發武漢肺炎群聚感染，被外界點名2003年SARS期間時做出和平醫院封院決策的前台北市衛生局長邱淑媞在臉書發文批評指揮中心防疫措施，使得當年台北市和平醫院封院責任再度引起討論。時任衛生署長的前副總統陳建仁26日則說，當時中央和地方開會後，決定封院，但要分艙分流、循序漸進。然而，台北市政府時間一到就拉起封鎖線，並沒有好好規劃、造成大家驚慌，他直言：「最差的開始就是和平封院」，對於邱淑媞又喊出「封院」，陳建仁直呼：「我有點不能理解」。
邱淑媞日前在臉書Po文痛批指揮中心：「防疫，其實只是很簡單的邏輯而已。很遺憾的，指揮中心嚴重欠缺防疫邏輯。台大公衛學院專家被打到噤聲，只剩吹捧的馬屁精、大內宣，這是人民之福嗎？」因為很多人謾罵過去的「和平封院」，她還貼出公文稱「下令立即封院且叫衛生局接管，竟然有這種中央官員，然後到現在都說是台北市要封的。為什麼要撒謊？」並在媒體上大吐苦水說「封院是中央與地方共同的決議」。不過，北市府及監察院的調查報告都直指「封院由市府提出」，打臉邱淑媞「中央甩鍋給地方」的說法。
而陳建仁晚間和無黨籍立委林昶佐、無黨籍議員黃捷一同直播時表示，因為當年和平醫院一事不可收拾，他被臨危受命擔任衛生署長，立刻建立院內感染管控，4、500間醫院管控都做得很好，從SARS的失敗經驗，這次桃醫感染的時候就有落實循序漸進，處理桃園醫院的部分，作法是用一個很好的計畫。對於邱淑媞又喊出「封院」，陳建仁反駁說，今非昔比，拿過去的失敗來比較，也沒必要，要從失敗中學習，找到更好的方法，怎麼會再把失敗的經驗拿出來講？陳建仁直說：「我覺得有點不太了解。」
陳建仁提到，當初和平醫院封院的決策，中央和地方都有開過會，前提是先做好分流分倉、循序漸進，但北市府時間一到拉起封鎖線，連跑去上廁所的計程車司機，也不准出來，北市府沒有好好規劃，和平醫院封院以後，大家很恐慌，他認為「最差的開始」就是和平封院，沒好好做，檢討起來，確實是當時封院沒按部就班。之後包括傳染病防治法修訂等，都是在SARS疫情後建立，而台灣人民經過H5N1禽流感、H1N1等挑戰，學習到很多，也能配合政府的防疫措施，台灣人民的公共衛生與防疫知識在全世界的表現相當好。
陳建仁指出，他常跟國外媒體說，台灣的防疫如此成功是因為把SARS的失敗當作墊腳石越做越好，而非跌倒後爬不起來。現在桃園醫院的感染為院內感染與家庭內感染，還沒有社區感染的案例傳出，大家要謹慎、但不用驚慌，勤洗手、戴口罩、避免到人多的地方。政府對於桃園醫院的處理有學到當年經驗，有計劃的進行。陳建仁日前接受半島電視台（Al Jazeera）專訪就強調，台灣處理武漢肺炎的方式就是遵照過去從SARS裡學到的經驗跟知識。面對新的傳染病，病毒可不在乎什麼國界。如果自大到忽視它們，就很有可能失敗。
