前台北市衛生局長邱淑媞22日斥責指揮中心防疫政策欠缺邏輯，導致桃園醫院內發生群聚感染，卻引來網友惡評，還被罵到關閉臉書留言。邱淑媞24日為自己抱屈說「鐵蹄出征吹哨者，而非聆聽她想給大家的示警」。對此，知名作家藤井樹痛批，她不但沒為當年SARS肆虐時的錯誤決策負上任何責任「害死三十幾個人的人，現在在教別人怎麼防疫」，並強調：「罪孽誰該背，不是你藍我綠這麼簡單」。

本名吳子雲的藤井樹23日在臉書Po文指出，時任台北市衛生局長的邱淑媞與當年時任台北市長的前總統馬英九做出和平醫院封院的決策「害死幾十個人」，人在外面的醫護被叫回去關起來，人在裡面的病患沒有分區隔離，沒感染被關到感染。而當時前線醫護都極缺防護衣、口罩等防疫裝備狀況下，邱淑媞和葉金川在期間卻「穿得跟太空人一樣，安全無虞地進到和平醫院視察」

藤井樹引用「台北市聯醫工會」在2018年的貼文提到，在首波疫情爆發時，醫院選擇掩蓋病情，導致前線醫療人員在不知情的情況下接觸感染病人，疫情爆發後，官方甚至下令關閉醫院以及召回所有人員，不但讓醫師穿上少數隔離裝備，還要求護理師簽署「自動離職協議書」，逼迫在無保護措施的狀態下照顧病患，馬英九當時還揚言「若拒絕即是敵前抗命，將依法究責」，最終導致7名醫護人員因此殉職。

而馬英九事後表示：「我覺得封院的部份，我倒不覺得有什麼嚴重的過失，因為第一個，沒有因為封院而造成更多的死亡，然後封院之後，減少了社區的感染，這個太明顯了嘛。」藤井樹直言，當年馬英九、邱淑媞「害死三十幾個人，而且沒有負上任何責任」，18年過去了，如今邱淑媞「卻在教別人怎麼防疫」，讓他氣得「由衷祝福馬英九和邱淑媞盡早手牽手下地獄」。

藤井樹24日又發文說：「邱淑媞今天沒出來講那些五四三的話，十八年前SARS的悲劇就不會再被拿出來五四三。同樣的影片、同樣的公文、同樣的人講同樣的一段話，由立場不同的人來看，就會有不一樣的解讀。這無所謂，反正反對我立場的人也不會因為看了我的文章就被我說服，我所反對的立場，我也不會輕易被說服。但事實如何，罪孽誰該背，不是你藍我綠這麼簡單。紀錄片都在，Youtube都有。」