日前紐西蘭機師(案765)足跡被公開一事，台北市長柯文哲擺明與中央唱反調，批評指揮中心「講1個謊要用10個來圓」，今他對自英返台華航班機上有1名乘客(案792)發燒一事又再批指揮中心不夠公開透明，並提出機組員應隔離14天並設專區方式管理。對此陳時中表示，案792登機前無發燒，至於機組人員防疫管理，「管制很重要，飛安也很重要，如果都要14天，航空就要停頓了。」也直言評論一件事前要先掌握事實。
日前因紐西蘭機師足跡被公開，台北市長柯文哲批評指揮中心「講1個謊要用10個來圓」，隨後指揮官陳時中回應:「他應該是在說他自己」，2人隔空火藥味十足。今日柯文哲澄清他並非指陳時中說謊，但提到華航自英國返台，有1人上機發燒一事，他認為有發燒就要攔截，再次暗指指揮中心不夠公開透明。
對此陳時中表示，評論前要先掌握事實，案792登機前在登機前於站外檢測2次體溫，都是36.5、 36.6， 所以並不是登機前就發燒，而依據案792的Ct值較低，估計應是登機後發病。至於外界質疑該案是否吃了退燒藥才登機？要如何防堵？陳時中則坦言這部份沒辦法掌握，「要去抽個血檢查有沒有退燒藥，我沒辦法掌握。」所以他呼籲「誠實」很重要，希望大家誠實以對，「你有吃退燒藥就來報告。」
至於柯文哲提出，機組員也應與一般民眾一樣需隔離14天，並設專區方式管理一建議，陳時中則表示，管制很重要，飛安也很重要，「如果都要14天，航空業就要停頓了！」他指出若真的對機組人員實施檢疫隔離14天的措施，那機組人員大概全年都沒辦法喘口氣，以民航局來講，航空業也幾乎就要停擺了。他認為這樣對機組人員的心理平衡會造成影響，進而造成會有飛安的顧慮，「做事情都要考慮很多方向，並選出一個雙方可以監顧的方式」
陳時中表示，他記得柯文哲市長也曾說過：「感染和經濟間取得平衡。」而他正努力往這個方向去做。
