行政院推動組織改革，計劃廢除科技部，將其職責交由國家科學委員會（國科會）和預計成立的數位發展部分擔。科技部長吳政忠對此表示，科技部是否改組，政院會評估整體情況再做定奪。
行政院自101年啟動組織改造，加上總統蔡英文在就職演說中宣布將成立數位發展部，科技部的重新定位成為刻不容緩的議題。
據悉，行政院已有初擬版本，計劃廢除科技部，改回前身國科會，主任委員由政委兼任，並將部分職責交由數位發展部管理。根據政院規劃，數位發展部將主管通訊、傳播產業、網路基礎建設、資訊通訊安全等面向，具體業務包括國發會政府資訊管理、行政院資安處／國家通訊傳播委員會（NCC）／交通部的部分業務，並設立資安署、個資保護審議委員會等單位，同時將資策會納入麾下管理。
知情人士表示，行政院希望在立法院本會期結束前將草案送入立法院審議，內容或許會微調。
對於科技部可能廢除的消息，科技部長吳政忠表示，政院會評估整體做出決策。就他來看，國科會跟科技部的做法沒有差很多，只是部會的執行力較強，委員會較擅長協調，且無論是部長或主委，英文都叫「Minister」。
