由國內基督教社群發起的國家祈禱早餐會，以蔡英文政府積極支持隔日的同志遊行，拒絕總統蔡英文30日出席。總統府則於今（29）日回應，蔡英文不會出席，也不會委任代表與會。長老教會則因此宣布退出此次祈禱早餐會。

「第20屆國家祈禱早餐會」將於10月30日於新店行道會卓越美河堂舉行。雖然，總統蔡英文先前已經答應與會，但籌備會突然發文要求蔡英文不要出席。

籌備會發文給蔡英文指出，「感謝您於百忙中首肯出席即將於10月30日舉行的第二十屆國家祈禱早餐會。國事如麻，夙興夜寐，我們了解」。

籌備會表示，由於國家祈禱早餐會的第二天，同志遊行即將舉行；加之執政當局採取積極鼓勵的態度。一經媒體報導，基督徒們十分震盪。「經過這幾天的疏通，目前教會內部仍然在拔河當中：我們承認，同志婚姻對基督信仰來說，直接抵觸價值核心，以致討論的空間極為有限」。

籌備會指出，「對國家祈禱早餐會舉辦的立場來說，您誠然是我們為之禱告，也最企盼溝通的對象。然而也需要周全到您的蒞臨，包括行程安排以及會場秩序等等。在早餐會無法百分百確定必然順暢的態勢下，我們傾向建議蔡總統或可委派另一位政府長官出席即可。事件緊急，牽涉寬廣，加之對國家元首的敬重，不得不做出此建議，敬請總統理解見諒」。

對於籌備會20年來首度拒絕現任總統與會，一開始就已參與籌辦的台灣基督長老教會則發出聲明表達遺憾，並決定不參加「第20屆國家祈禱早餐會」，自即日起退出該屆籌備會。

長老教會表示，因籌備會有部分委員對於蔡總統同志婚姻議題的立場與發言有所疑慮，10月27日召開線上臨時籌備會，討論後以多數表決建議蔡總統不必到場，並於10月28日在致總統信函中表示「委派另一位政府官員出席即可」。因此，總統府於10月29日回覆表示蔡總統不便參加本屆國家祈禱早餐會。

長老教會指出，自第20屆國家祈禱早餐會籌備會第1次會議以來即參與其中，但籌備會在正式邀請總統出席之後、於舉辦前夕僅為單一議題經多數決而建議總統不到場，已經不符合該會自2001年首屆國家祈禱早餐會參與至今的宗旨：「台灣眾教會共同為人民、政府、總統、國家、及世界和平所做的祈禱，求上帝使我們的國家能夠落實上帝所賜的公義、和平、慈愛，讓台灣成為一個信、望、愛的國家。」該會不得不痛心的拒絕參加本屆國家祈禱早餐會。

長老教會表示，歷屆國家祈禱早餐會皆邀請總統到場和致詞，表達眾教會對國家和元首的關懷，共同為國家元首祈禱，祈求上帝賜福我們的國家，這是舉辦國家祈禱早餐會的重要目的。很遺憾的，本屆建議總統不到場，已失去國家祈禱早餐會的實質意義。再者，「第20屆國家祈禱早餐會」以「愛無國界」為主題，因單一議題的立場差異，造成總統是否到場的疑慮，何以見證在基督裡「愛無國界」。

對此，總統府發言人張惇涵也說，因考量不樂見籌辦團體為此爭紛，總統婉復出席，也不會另委派代表與會，但仍祝福活動圓滿順利。

張惇涵強調，《司法院釋字第七四八號解釋施行法》是基於大法官釋憲及公民投票結果，經由立法院通過的法律。誠如教宗方濟各日前所言：「同志有權組成家庭。他們是上帝的子民，有權建立家庭。沒有人應該為此被趕出去或是變得悲慘。」

張惇涵表示，今年國家祈禱早餐會以「愛無國界」為主題，而台灣能夠成為亞洲第一個婚姻平權合法化的國家，就是具體實踐了台灣是透過民主捍衛人權，同時展現台灣社會多元與包容價值的重要里程碑。