國史館收藏正副總統的史物，也陳列國內重要檔案史料、私人移轉及捐贈的檔案，並對其進行保存等管理。然而卻傳出不收藏2015年馬習會晚宴用酒，民進黨也自2016年上台後二度修法，認定該馬習會的黑金龍與茅台沒有歷史價值，自去年7月由國史館自馬英九總統保存文物當中剔除。各項指控讓國史館出面澄清，酒類是易揮發食品，入藏將對庫房造成極大風險才排除，甚至從來沒保管過。
兩岸領導人習近平及馬英九在2015年在新加坡歷史性會面，留下了兩極的評價，那時雙方擺出各自酒廠的好酒，習近平帶了中國國宴酒貴州茅台，馬英九則帶了金門酒廠出產的黑金龍高粱，兩支酒的價錢都不斐，而後被帶回台灣留作紀念。
根據《總統副總統文物管理條例》，文物認定包含：信箋、手稿、個人筆記、照片、錄影帶、影音光碟，及價值3000元以上的可保存禮品。如今媒體報導，懷疑國史館剔除馬習會文物，指稱民進黨認定馬習會的酒沒有歷史價值，不再保存對這場會議極具象徵性的兩款酒，不將其視為價值3000元以上的可保存食品，而將其列入不可保存的食品，也等於否定了馬習會。
國史館也針對該報導發出新聞聲明，表示是因為酒精具揮發性且易燃，才立法將其排除在保存文物外，其他國家例如美國總統的入藏文物也沒有酒或食品類的文物，跟馬習會並無相關。
國史館更強調，歷任總統所收受之酒類物件甚至從未移交至館內，故根本沒有「退回」一事。對此，國史館長陳儀深也說明，其還有特別查證是否有「收進來才退回去」的情況，承辦的人則回覆沒有。
陳儀深也表示，「製造這條新聞是想要凸顯馬習會的重要性吧，對歷任總統的文物管理是經得起檢驗啦。」
習近平贈送的貴州茅台酒。 圖取自國史館官網。
