防疫期間，為鼓勵合法旅館業者參與防疫行列，交通部觀光局於4月實施防疫旅館補助，提供補助金給居家檢疫者或防疫旅館業者，藉此提高業者加入防疫旅館之意願。原本計畫只提供到8月31日，但因國際疫情未緩和，仍有防疫隔離需求，觀光局將延長獎助期間至12月31日，並調降補助金額為800元，將溯及9月1日生效。

因為國際間疫情二度反撲，考量到防疫需求，交通部將補助期限從原本的8月31日修改延長至12月31日，也調整補助金額，在9月30日前維持每房每日補助新台幣1,200元，但考量預算能有效延長運用，自10月1日起至12月31日止，每房每日補助新台幣800元；並自10月1日起，僅補助提供本國籍或持永久居留證之居家檢疫者及居家隔離者入住之防疫旅宿。

觀光局在台灣旅宿網建置「防疫旅宿」專區，旅館業者若自願公布其為防疫旅宿，民眾可直接訂房；其餘未公開者，則可透過各縣市防疫旅宿連絡窗口進行訂房。目前防疫旅宿的房間數已逾12,000間房，入住率約7成，各縣市仍在持續輔導建置上線之房間數，足以提供給未來有入住需求之居家檢疫者及居家隔離者。