台北市長柯文哲去年8月成立台灣民眾黨後，經常挨批黨政不分、濫用北市府資源，而民眾黨在國會拿下5席立委，長期運用立院黨團資源來運作黨務，柯文哲也固定在週三前往民眾黨立院黨團辦公室召開黨政會報，且黨發言人掛黨團職缺，領立院、納稅人的薪水，為人詬病。對此，民眾黨回應，盼黨部、黨團併行運作，提升整體工作效率。
柯文哲長期以來經常被質疑「黨政不分」，而組黨後更是被批涉濫用市府資源、公私界線模糊，像是柯文哲宣佈組黨當天，即是使用北市府會議室召開記者會，引發藍綠議員抨擊，也曾發生北市府副發言人「學姊」黃瀞瑩幫拍攝黨務宣傳廣告，民眾黨立委、前北市府顧問蔡壁如在公框群組拉攏入黨等爭議。
此外，民眾黨團副主任兼黨文宣部主任柯昱安以及黨發言人蔡峻維、楊寶楨，也被質疑領的都是國會薪水。而柯文哲固定每週三前往民眾黨團召開黨政會報，與會成員包括主席、黨部幹部、發言人、中央委員及5名立委，形同黨務決策會議，卻直接在黨團開會。
對此，民眾黨發言人楊寶楨回應，一切遵照立法院規則辦理，黨中央當初的考量，是希望黨部、黨團併行運作，提升整體工作效率。
而柯文哲今日並未安排公開行程，且中午以有市政行程為由，民眾黨今日中午取消召開黨政會報，尚未獲得柯本人回應。
