武漢肺炎疫情爆發以來，許多人擔心會有「流感化」的情況，香港也傳出二次感染的病例。衛福部長陳時中今（25）早表示，目前看起來流感化的可能性是越來越高。疾管署則指出，還要再觀察未來病毒和疫苗的發展，不過台灣對於流感的應變都很有經驗。
陳時中稍早表示，武漢肺炎一直以來分為兩派論戰，一方認為病毒會流感化，另一方則認為會朝向SARS這種高致死率的方向發展，然而目前看起來流感化的機率是越來越高的。如果真的發生，陳時中認為台灣在這方面的應對都很有經驗，都在模擬範圍之內。
疾管署副署長莊人祥則表示，需要觀察未來二次感染的案例是否越來越多，以及疫苗的保護力可以持續多久。如果真的流感化，就需要針對診斷、藥物和疫苗這些方面做準備。目前的確有這樣的盤算，但是還是要看病毒和疫苗未來的發展。
還有人害怕進入秋冬季後，武漢肺炎和流感會同步大爆發，莊人祥指出，自從疫情爆發以來，呼吸道疾病有減少的情況。如果觀察季節對於疫情的影響，如澳洲現在是冬天但流感的病例很少，而很多除了台灣之外的國家正值夏季，武漢肺炎疫情依舊很嚴重。防疫的關鍵還是在於落實邊境管制，以及檢疫措施。
莊人祥表示，流感疫苗的部分，疾管署有準備公費6百多萬劑，10月開始會對外施打，抗病毒藥物則有317.4萬人份，鼓勵大家多使用以有效控制武漢肺炎和流感的疫情。
