彰化縣衛生局對居家檢疫者進行篩檢，中央流行疫情指揮中心要求政風處進行調查，引發軒然大波。對於充滿爭議的普篩議題，國民黨擬串聯十四個執政縣市入境普篩，卻因藍營縣市長意願低而喊卡。而中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中指出，多國以普篩方式代替居簡防疫，但成效都不佳，甚至發生群聚感染，他說：「做得好的人要學失敗的人，我想不懂這個道理」，並反問「台灣有需要去冒這個險嗎？」
彰化縣衛生局日前啟動萬人武漢肺炎血清抗體調查，卻在25日公布結果前臨時自行喊卡，讓外界懷疑是被高層施壓。對此，陳時中否認施壓，並表示要公布結果也沒有問題，啟動調查的主因是執行面上有「小瑕疵」，才會由政風人員進行初步調查，結果並無違法脫序情況，也未造成社會傷害。
陳時中說明，彰化縣衛生局的瑕疵在於警政及衛政間的聯繫沒做好，計畫讓居家檢疫者到外接受採檢，就需有更好的規範；另外，關於指揮系統及命令決策的部分，要等第二階段調查。
根據《自由時報》報導，前衛生署長楊志良及葉金川曾提出「難道普篩的國家都是傻瓜？」但紐澳地區實施後「結果很失敗」，都發生群聚感染的情況，連冰島近14天每百萬人的確診數為306人、澳洲為近14天為154人、紐西蘭則是21人。陳時中對此回應，他不敢講是不是笨蛋，但對方的情況的確比我們差，因此想不通為何台灣做得好，需要去學做得差的方式。
此外，陳時中也提到，假設未來疫情盛行，他不會大量篩檢，而是會大量隔離，他強調「隔離才是最終的方法」，並坦言，台灣一定會有個案產生，戴口罩才是最基本的防線，他們從來沒有說檢驗沒效，但要把工具用在對的地方。
