針對武漢肺炎持續延燒，中央流行疫情指揮中心考量防疫旅館數量不足，研議開放一般旅館也收容防疫旅客。國民黨今（19日）公開表態反對，主張政府防疫不應逆向而行，此時對入境旅客管制應該要更嚴格，國民黨反對一般旅館開放收留居家檢疫旅客，支持多數地方政府採取擴大防疫旅館房間數的防疫方向，這樣更能清楚分流，避免一般旅館成為防疫破口。
依照衛福部統計，包含台北市、新北市、高雄市防疫旅館佔床率都超過80％，入境人數近期持續增加，防疫旅館明顯不足，疫情指揮中心因而表示要開放一般旅館收居家檢疫旅客，但對於中央此舉，地方政府明顯不同調；六都之中，台北、新北、桃園、台中都認為應該朝擴大防疫旅館數量的方向，而非開放一般旅館，高雄也緊急擴大防疫旅館房間數，僅台南市表示尊重中央。
國民黨文傳會主委王育敏指出，昨日越南增加1例台灣移入確診，上海也通報1位自台入境病例，加上數天前馬來西亞一例確診個案感染源疑與台灣有關，以及先前的日本學生、泰國移工、比利時工程師等疑似在台染疫，都顯示台灣已有隱藏的社區感染病例，許多「感染源不明」的個案卻都不了了之，國民黨呼籲蔡政府應採取更積極的出入境普篩作為，不要讓全體台灣民眾暴露於危險之中。
國民黨強調，台北市日前發現違法日租套房卻收居家檢疫旅客的情況，台北市府也多次函請中央正視「非防疫旅館讓居家檢疫者入住」可能造成的防疫漏洞，但中央不僅不願訂定罰則，更反向而為，要開放一般旅館執行收居家檢疫旅客，完全是本末倒置，增加民眾恐慌。
另就彰化縣衛生局檢出境外移入的確診案例後，中央流行疫情指揮中心竟下令政風處調查，國民黨也聲援彰化衛生局，質疑中央疫情指揮中心在疫情持續延燒的當前，以政風調查的手法打擊積極檢疫的基層防疫士氣，相信民眾不會認同。此案例更凸顯疫情指揮中心擬開放一般旅館收檢疫旅客的作法，可能擴大防疫漏洞，絕不可行。
國民黨表示，如同新北市長侯友宜表示，不能因為回國人數暴滿防疫旅館不足而去開放一般旅館，防疫絕不容任何漏洞。若開放一般旅館的相關配套不完善，分流動線未清楚規劃，甚至可能造成交叉感染，讓近期湧現報復性出門旅遊的人潮暴露在疫情風險下。
國民黨對此提出三點呼籲，第一、對於防疫旅館不足的問題，中央應按照傳染病防治法，徵收、協調旅宿業者加入防疫旅館，由中央給予業者補助，而非粗糙地開放一般旅館的方式處理；第二、 中央政府應頒令，要求各地方政府持續徹查違法日租套房等非一般旅館卻收容居家檢疫旅客情況，並將居檢旅客轉移至防疫旅館，以明確分流、杜絕漏洞；第三、 若中央疫情指揮中心堅持開放一般旅館收留居家檢疫旅客，就應發佈最嚴謹的分流SOP，並協助地方政府落實工作人員的教育訓練，避免成為防疫破口。
