2014年3月發生的太陽花運動期間，有反服貿抗議民眾佔領行政院，遭到警方強制驅離，監察院表示，期間抗議民眾占領行政院時，台北市警局處理失當，造成多名員警及民眾受傷，有損警察機關及政府形象，通過糾正台北市警局與警政署。對此，民眾黨、台北市長柯文哲今（26日）回應，政府告學運的全撤掉，問題是學運告警方的都沒撤掉，「所以為什麼造成基層警員的不服氣就是這樣」，他主張雙方都撤告，把太陽花運動當作歷史事件、政治事件。
糾正文指出，陳抗群眾於2014年3月24日進入行政院抗議，遭警察人員以強制手段執行淨空過程中，造成員警191人及民眾38人受傷，還有超過百件民眾控告政府官員殺人未遂案件，另案經台北地方法院判決，北市府警察局應給付前立法委員周倪安等多人國家賠償在案本案經媒體及網路大幅報導播放，執行淨空各任務機關復未適時澄清說明，有損警察人員、警察機關及政府形象，洵有違失。
柯文哲下午前往幫民眾黨台中市原住民自治區和平區長參選人張瑞紘站台，並與谷關業者座談，接受媒體訪問，被問及北市警局遭監察院糾正一事，柯文哲嘆口氣後說，他是主張太陽花運動「雙方都撤告」，柯表示，現在是這樣，政府告學運的全撤掉，問題是學運告警察這邊都沒撤掉，「所以為什麼造成基層警員的不服氣就是這樣」。
柯文哲指出，自己是主張把太陽花運動當作一個歷史事件、政治事件，雙方都撤告，把它結束掉，「不然一邊告、一邊不撤告，所以為什麼基層警員不服氣就是這樣」、「我聽過基層警員的心聲，他們不服氣」。
