針對台北市長柯文哲的同婚及性平教育公投廢票說，彩虹平權大平台認為他複述反同團體的說法，更質疑他的動機，有其他地區選情考量，台北市是性平友善首都，呼籲首長發言應慎思。
高雄同志大遊行前夕，台北市長柯文哲在臉書上透露於2018年同婚及性平教育公投投下廢票。「彩虹平權大平台」在臉書上回應，不解柯文哲複述反同團體的的說法，「是哪裡不尊重公投結果？」及北市性平委員會遴選黑箱，並質疑他發「廢票文」的動機是否有其他地區的選情考量，提醒台北市是性平友善首都，柯文哲發言應慎思。
彩虹平權大平台表示，根據公投結果，必須透過修正民法以外的方式來保障同性別2人結婚的自由，現行的748施行法確實是以專法、而非民法婚姻章的方式來保障同性婚姻的相關權利，完全符合公投結果，也確實符合等同於憲法的大法官解釋；對於柯文哲再次複述反同團體的「專法不尊重公投結果」的說法，感到疑惑與難以理解，願聞其詳。
彩虹平權大平台不解，柯文哲口口聲聲說性平教育重要，但為何會放任台北市教育局下的性平教育委員會的遴選運作黑幕重重，讓同一團體曾有反同言論的2名代表進入掌管性別平等教育的性別平等委員會。彩虹平權大平台更嚴詞指出，「台北市政府內最不同志友善的局處，就是教育局。」在市府內討論同志權益保障的議題，只要碰到教育局，肯定是百般推託、延遲、藉口一堆，甚至還有竄改會議紀錄等誇張行為。
對於柯文哲在公投2年後才表態投「廢票」，彩虹平權大平台認為，此時特別發文強調自己當時的投票意向，不僅忽視了許多爭取平權的公民團體、友善盟友的努力，也忽視了台灣社會自2018年底至今以來，各界努力對話、溝通及修補公投時的社會對立；質疑柯文哲的動機是否有其他地區的選情考量，並批評柯文哲作為目前國會第3大黨的黨魁，卻認為「廢票不廢」、投廢票的理念是公投的真諦，卻又稱「願民主價值更深化台灣」，這兩種想法明顯背道而馳。
彩虹平權大平台表示，從90年代以來，歷任台北市市長在任內對於同志遊行、同志權益等議題的表態和作為，都有其個人的政治判斷和顧慮；提醒所有政治人物，表態、行動都將對台灣社會造成深刻的影響，更關係到每一位同志的生命和生活，「切莫因為一時政治情勢的判斷和個人因素，犧牲台灣同志社群的權益和福祉」。
