立法院經濟委員會今天審查「農田水利法草案」，部分立委質疑，農田水利會改制會侵占民產，並增加職務供政府酬庸，農委會主委陳吉仲答詢時澄清，水利會改制公務機關後，分署長皆由事務官接任，無酬庸問題，原有農田水利會的動產、不動產仍登記在農田水利設施上，沒有收歸國有。
立院經濟委員會今天審查「農田水利法草案」，針對未來農田水利會的人事、財產疑慮，國民黨立委陳超明質詢時特別「恭喜」陳吉仲，預言「農田水利法草案」將在疫情嚴峻當下強行通過，未來農委會主委「很大」，多2千多個公務人員，財產多了7千億，將來有錢、有人，變成台灣獨大的機關。
國民黨立委林文瑞質疑，農委會還沒升格農業部，農田水利處也沒有升格農田水利署，17個農田水利署如何在11月1日上路？陳吉仲則保證，在6月農委會通動組改時，一定會有農田水利署規劃，且10月初以後就會有農田水利署﹔相關子法在5月中下旬也會完成。
民進黨立委黃世杰則指出，基層農民連水利會的「小組長」會不會繼續選都不知道，且在改制前，農田水利會是大法官釋憲的公法人，用直選的方式選出管理階層代表農民向政府爭取農業用水，有政府發的水權狀，改制後相關權利義務應釐清，在法案通過前，農委會應到基層跟農民溝通，說明在水利會改制後農民會得到如何更優越的保障。
陳吉仲答詢時澄清，農田水利會改制修法2年前就通過，站在歷史的角度看，絕對對農民、水利會都是正面的，全國水利會2千多個員工並不會變成公務人員，人事採雙軌制，未來變公務機關後，各分署長皆為事務官擔任，不會指派政治人物，各水利會的動產、不動產，仍會登記在農田水利設施上，沒有收歸國有。
陳吉仲強調，所有組織改造的過程，只要整體是利多於弊，對國家水資源調度、農田水利設施效率、員工權利保障、服務範圍擴大有好處，或許有些少數既有利益受影響也沒辦法，還是從國家制度面看，到底是正面還是負面？從百年的角度看升格公務機關到底好還是不好。
