敦睦艦隊上月遠赴帛琉進行交流，返國後卻爆出武漢肺炎（COVID-19）群聚感染，迄今確診27人，針對海軍官兵在友邦是否有配戴口罩一事，一直是爭議焦點。因敦睦艦隊上配有3萬片口罩，有人好奇能否能比對艦上口罩殘量，來確認官兵於帛琉訪問時是否有確實配戴口罩，對此陳時中回應，是好方法，但也重申口罩一直都未有強制配戴政策，惟4月1日社交距離措施公布後，要求無法保持社交安全距離者配戴，「國軍若未配戴是國軍管理的問題，而非指揮中心要求的問題。」

敦睦艦隊於3月12日至15日停靠帛琉，離開帛琉後於公海航行近30天，4月15日自我國軍港下船，4月17日爆出群聚感染，緊急召回700多名官兵漏夜採檢，迄今有27人確診武漢肺炎。

由於感染源至今仍不明，不少人也針對官兵於帛琉訪問時是否有確實配戴口罩提出質疑。根據國防部副部長張哲平說法，敦睦艦隊執行任務前，皆有評估防疫作為，符合疫情指揮中心的指導，在行程整備時，口罩準備了3萬多片，官兵每人一人一片，估算可以用45天，防護衣跟酒精也都是比照需求來準備。 

至於是否可以針對帶出去的3萬片口罩在艦上的剩餘殘量，來比對官兵是否有確實配戴，指揮官陳時中回應，是好方法，但他也重申台灣的口罩政策，他提到，最早開始是說健康人不需要戴，有疾病、長者及慢性病者需要戴；4月1日指揮中心宣布社交距離措施後，要求若民眾無法維持室外1米室內1.5米的社交距離就應配戴口罩。

陳時中提到，「回溯性看國軍是否有配戴口罩是國軍管理的問題、而不是指揮中心要求的問題，這兩者可能要分清楚。」