海軍敦睦艦隊出現24例確診，國軍面對疫情的管控以及艦隊出航必要性受到外界質疑。國民黨主席江啟臣指出，在疫情全球蔓延情況下，敦睦艦隊依然執意出訪，且出航與返國均未通報指揮中心，無視疫情指揮中心的存在，他要國防部說明，「究竟是誰授權？誰指示？」，他強調，誠實是最好的政策，切勿隱匿造成更大傷害。

江啟臣指出，早在2月27日疫情指揮中心提升至一級開設，蘇貞昌院長指派陳時中部長擔任指揮官，所有防疫作為與疫情管控都必須聽從疫情中心指揮。為什麼國防部700多名官兵的敦睦艦隊出航，竟未通報「疫情指揮中心」，甚至返航後也僅詢問指揮中心有關「遠洋漁船與國際郵輪」的狀況，他質疑，「究竟在隱藏什麼？國防部可以自外於疫情中心指揮嗎？」

江啟臣又質疑，本次最先確診3名官兵，疫情中心指出都在4月初到4月13日就出現典型的新冠肺炎症狀「嗅覺異常」，國防部卻說醫官回報官兵健康狀況都是正常，究竟是誰說謊？又是誰同意讓700名官兵在4月15日下船返回社區，讓疫情出現700多個群聚感染的破口？

江啟臣要求國防部必須針對整個敦睦艦隊的出訪決策過程，說清楚、講明白，在面對疫情全球蔓延，指揮中心下令醫護禁止出國，但敦睦艦隊依然執意出訪，且出航與返國均未通報指揮中心，無視疫情指揮中心的存在，「究竟是誰授權？誰指示？」