對於WHO 29日發新聞稿指出， WHO秘書處按照既定程序與「台灣的」衛生專家和相關部門合作，促進快速有效的應對並確保訊息流通，外交部今（30）日回應，台灣至今仍無法參加WHO所屬「全球疫情警報及反應網絡」(GOARN)。而自2009年至2019年，台灣共向WHO申請參與187場技術性會議，僅受邀參與57場，被拒率高達7成，此顯見WHO秘書處仍多基於政治考量而對台灣設限。
在高級顧問艾沃德（Bruce Aylward）接受香港電台訪問時迴避台灣議題引發國際爭議後，WHO秘書處 29日發出新聞稿表示，「台灣的」世衛成員資格問題取決於世衛會員國，而不是世衛組織工作人員。WHO秘書處按照既定程序與「台灣的」衛生專家和相關部門合作，促進快速有效的應對並確保訊息流通，並說「台灣的」國際衛生條例（IHR）聯絡點能獲取資訊，也可以訪問「事件資訊庫平台」（EIS）等。
對此，台灣外交部表示，中華民國（台灣）外交部注意到WHO秘書處於29日發布聲明，肯定台灣的防疫成效，並正視將台灣納入全球對抗「新冠病毒（武漢肺炎）」(COVID-19)疫情工作的重要性，但對於WHO的聲明未能呈現若干事實全貌感到遺憾。外交部則加以澄清說明，並嚴正籲請WHO秘書處繼續檢討、並改善其基於政治考量而施加於台灣的一些不合理限制：
一、台灣與WHO在國際衛生條例(IHR)架構下互設聯繫窗口，台灣IHR窗口雖有帳號密碼可於IHR內部EIS網站(Event Information Site)查閱資訊，然而實際上多是台灣單向的資訊提供，卻未被WHO分享。
以這次「武漢肺炎」疫情為例，台灣自始即將所有案例資訊以及台灣採取的防疫及邊境檢疫措施在第一時間即通報WHO窗口， WHO秘書處卻從未將台灣提供的資料納入EIS網站，也從未登載在WHO每天更新的「疫情報告」(Situation Report)，因此各國衛生單位無法從WHO所提供的資訊中瞭解到台灣的疫情現況、防疫政策及邊境檢疫措施。這顯示WHO聲明中所稱，正廣泛向包括台灣在內的所有地區學習，以與全球分享「最佳範例」的說法，與事實有出入。
二、台灣雖參加非屬WHO轄下之「全球流行病與公共衛生防疫網絡」(TEPHINET)，但至今仍無法參加WHO所屬「全球疫情警報及反應網絡」(GOARN)。因此，即使可透過TEPHINET得知間接、非即時的GOARN援助任務資訊，並不代表台灣得以參加GOARN，WHO也無理由聲稱此為WHO與台灣的合作。
三、今年2月間WHO舉辦「全球研究及創新論壇」，台灣曾積極向WHO爭取安排台灣專家赴日內瓦出席，但WHO最後雖接受我國2名專家參加，但僅允許線上參與，因此台灣的專家實際上無法與其他國家的代表就疫情發展、防治及研究直接交流互動，並分享台灣第一線的抗疫經驗，也無法向資金贊助者爭取合作疫苗及藥物研發的機會。
外交部指出，自2009年至2019年，台灣共向WHO申請參與187場技術性會議，僅受邀參與57場，被拒率高達7成，此顯見WHO秘書處即便在處理參與技術性會議事宜時，仍多基於政治考量而對台灣設限。
外交部表示，近來國際輿論、台灣友邦及理念相近國家推促WHO應納入台灣的支持聲浪日益高漲。台灣成功制止「武漢肺炎」疫情擴散的表現，廣泛獲得國際社會稱許與讚揚，目前已有40多國、超過450多篇國際媒體的報導予以肯定。台灣政府對國際社會的支持表達由衷感謝。
外交部再度呼籲WHO秘書處，在全球共同合作對抗疫情蔓延之際，WHO應秉持其憲章所揭櫫的「追求人類最高的健康水準」宗旨，摒除政治考量，將台灣完整納入相關會議、機制及活動，尤其是與防治COVID-19疫情相關者。台灣有能力、也有意願繼續與包括WHO在內的雙邊及多邊夥伴合作，共同致力維護全球公共衛生、攜手防堵疫情的擴散。
