第2批武漢包機11日凌晨分成華航、東航2班機先後抵台，但華航傳出18人拒絕檢疫，11人未報到，導致包機延誤4小時，引起社會討伐。知情家屬透露，18人並非拒絕檢疫，而是沒拿到採檢陰性的紙本報告，無法登機。

自2月3日首批武漢包機返台後，事隔一個半月，台灣與中國經過多次磋差，終於敲定第2批包機於3月10日成行，分別由華航、東航負責載運台人回國，但起飛當日出現不少狀況。

華航CI542包機原預計載運202名台人，登機前11人未報到，另絕18人拒絕配合檢疫沒搭機，1人發燒沒登機，最終共169人成功抵台，消息一出，社會撻伐不配合台灣防疫措施的29人。

據《聯合報》報導指出，知情家屬直言，所有能登機的人都是經過核酸檢測陰性，以及繳交核酸檢測陰性證明，但並非每個人在出發前拿到紙本的核酸檢測陰性報告，甚至有些人是在檢測隔天，就被通知飛機要飛了，報告根本來不及出來，所以傳出拒絕配合檢疫的18人是「根本沒拿到紙本核酸檢測報告」，無法登機。

另外，有11人無法到機場報到，是因為接到通知後，時間十分倉促，湖北省比台灣大很幾倍，住在郊區的他們沒趕上到武漢市中心的車。