台北市率先推出的「防疫旅館」政策，由於並未公佈防疫旅館地點，引發旅館公會質疑及旅舍業者不滿，質疑台北市長柯文哲無法貫徹自己主張的「公開透明」。對此，台北市議員苗博雅建議，不用公開防疫旅館，但也應該不讓一般旅客入住，還可以像其他國家一樣，政府直接把旅館整棟租用。
苗博雅接著暗酸柯文哲，「之前有人說，檢疫隔離地點都要公開，才是公開透明，周遭民眾才能防範。還有網軍扯什麼，不公開地點，就跟中國隱匿疫情沒什麼兩樣。地點偏遠，同棟樓和周遭沒有其他居民的，就要公開，說要給民眾防範。現在自己做防疫旅館，還有一般旅客入住，就不用公開。不覺得，這邏輯怪怪的嗎？」
苗博雅認為，防疫旅館地點確實不用公開，以免造成不必要的恐慌，但應該也不用讓一般旅客入住，旅館畢竟和醫院不一樣，不讓旅客知道其入住的是政府指定的防疫旅館，會有隱匿重大消費資訊的疑慮，「就像其他國家一樣，政府直接把整個旅館包下來，應該是能平衡兼顧業者權益和消費者權益的方法。」
