中國武漢肺炎傳出爆發訊息後，嘉義市政府隨即啟動整備工作，並於1月24日農曆除夕當日，召集相關局處長成立嘉義市應變指揮中心一級開設，提前擴大佈署，為市民健康把關。

截至2月27日為止，已召開四次應變指揮中心會議，每次皆由黃敏惠市長親自主持，以「嚴堵疫情」、「調度物資」、「安定民生」三大方向著手，這段期間衛生局嚴密監控疫情，結合民政處追蹤管理居家檢疫及居家隔離個案。 

教育處也與國中小、幼兒園、補教機構等多次召開防疫會議，共商防疫對策，同時要求各級學校、公私立幼兒園與補教業者務必落實防疫作為，也於開學日同步發行「學生健康管理護照」落實學生自主量體溫，做好分流措施，教育及強化學生防疫觀念。 

另外，市府將自3月1日起正式成立｢嘉義市政府居家檢疫/隔離關懷服務中心」，並將分送防疫安心包給居家檢疫/隔離之民眾，內容有14片口罩、漂白水、平安皂、防疫衛教資訊及運動彈力帶等，另外，若民眾有心理諮商之需求，亦有心理諮商人員可以提供線上服務。陪伴民眾，降低檢疫隔離者的壓力與不安。