中國大陸「武漢肺炎」再度挑動兩岸政治現實的敏感神經。菲律賓衛生部官員稱依「一個中國」政策，將台灣列入「臨時旅行禁令」，造成台灣旅客、商務人士無法入境被拒於門外。對此，菲律賓駐台代表處不但在臉書提出中英文版本的說明，更由菲律賓駐台代表班納友(Angelito Banayo)致函給外交部亞太司長葛葆萱表示歉意，稱相關發言並非菲國官方立場，台灣人也未遭禁止入境。
根據了解，班納友寫給外交部的澄清函件中，說明「已透過執行秘書向菲國總統辦公室傳達，台灣的衛生規範十分全面」，並指出菲國政府在12日會有一場因應「武漢肺炎」的工作會議，屆時衛生部、總統辦公室、移民局和外交部都會有官員出席，一同就「臨時旅遊禁令」做最終決定，強調「目前移民單位實務上並未禁止台灣人入境」。
而臉書所張貼的中英文說明則對「為什麼要提交入出境紀錄？」做出解釋，指出「由於台灣護照持有人出入中國及港澳等地均使用台胞證，以致菲律賓移民官(BI)官員無法確認旅客近期曾否出入中港澳等地」。以此辯解、要求台灣赴菲旅客提交入出境紀錄以供查驗。
本項爭議的起源，在於菲律賓衛生部次長杜明戈(Eric Domingo)10日在記者會上表明：「既然我們對中國有臨時旅遊禁令，台灣也包括在內。」班納友辯稱是根據「世界衛生組織(WHO)的政治分類」。菲國政府是在本月2日，對21天內曾入境或停留中國、香港及澳門地區的外籍人士，實施「臨時旅遊禁令」，對象包括中國公民及所有經由中國到菲律賓的外國旅客。
雖然菲律賓駐台代表處對「禁止台灣人入境」一事表達歉意，但事實上仍有新措施需要注意，從10日開始，台灣旅客申請菲律賓紙本旅遊簽證需附21天內的出入境證明，在入境菲律賓時提供備查。
