武漢肺炎疫情擴大，讓日本國民越來越緊張，不僅從武漢撤回的日僑有人沒症狀也感染，現在最怕的是日本本身還沒有禁止航班到中國，也要到2月1日才會開始實施有關「指定傳染病」，才能強制病患入院，也因此日本管制鬆散遭詬病，現在甚至有報導指出從武漢或其他地方有大量離境的人，有不少會湧入日本就醫，甚至30日起網上不斷傳出東奧會停辦，逼得東奧組委會還出面言明不考慮停辦，影響慘重。
日本至今已經派出三班包機到武漢撤僑，撤了565人，當地還有147人未能搭機；第一次班機李206人中，確診3人，沒有症狀卻感染的有2人，日本厚勞省舉行記者會時還很興奮地表示「意義重大」，因為當下是在中國境外首次出現如此病例，好像有人白老鼠病例般遭到嚴厲批判。
這次日本政府許多對應，都被認為問題多多，像是第一批撤僑206人住在千葉縣「勝浦飯店三日月」因為房間數不足，除了住院5人及回家2人等外，投宿者有199人，但全部只有140個房間，原本把這些僑民都關起來是為了隔離，卻又強迫他們有很多人必須同房，結果確診為陽性的3人中有兩人是跟他人同房住的，現在跟他們同房的人嚇慘了；強迫必須隔離的人同房，等於是政府自己在製造傳染，可見日本政府其實對武漢肺炎一直過度掉以輕心。
第一批206人，日本政府還對每個人收費8萬日圓，因為原本東京到武漢如果早點預約的話，單程只要2萬多日圓就可以，因為這種緊急狀況，原本應該傾國家之力救助，卻還加倍收費，讓日本國民都無法接受，而日本外務省還說這是根據本人意願的，無法當特別案例來考慮，結果各界批判，尤其箭頭指向安倍用了5700萬日圓稅金開賞櫻會來鞏固選舉樁腳，但卻對撤僑要求個人負擔，實在太說不過去了，甚至許多意見認為應該讓安倍負擔撤僑費用；吵了半天，才終於決定改由公費負擔。此外第二次包機起，才把紅外線體溫測量儀器搬到飛機裡去先作檢測，才不必下機後派出20輛救護車大陣仗伺候；其實作完初步檢測後，武漢日僑還是分搭7輛大巴到飯店的，並非如台灣有說法是派出206輛救護車當專車。
因為要收8萬日圓，因此第一批回來的有2名日僑拒絕接受檢測，而且也拒絕隔離，而逕行回家了；但在網路上也遭批判，加上後來政府決定改成不收錢，這兩人才接受檢測
安倍因為很想巴結習近平，因此所有動作都晚了一大步，像是到了28日才基於傳染病法指定武漢肺炎是「指定傳染病」，原本要等2月7日才開始施行，各界大批，才好不容易提前到2月1日施行，也是因為沒有指定，有感染的女陸客只在飯店休養，日本也無法強制她上醫院去隔離；此外拒絕檢測的日僑也是因為政府無法強制檢測或隔離的。
日本撤僑之後問題連連，相對於此，韓國狀況更嚴重，因為韓國把隔離設施設在中部的忠清北道鎮川，一處設施附近還有保育園、公寓等，因此在野黨以及居民嚴重抗議，居民甚至開出推土機來擋住道路，去視察的官員遭撕毀衣服、抓頭髮等；另一處隔離設施也是有大批居民在高官視察前就展開示威抗議，反表示「誓死反對收容從武漢回國者」；相關說明會要投入700名警力，已經近乎暴動狀態；與此相較，日本國民是比較溫暖對待撤回的僑民。
目前比較令人擔心的狀況是英航BA已經發表停飛中國本土班機，除了武漢之外，飛北京、上海的也都停飛，其他德國、瑞士、美國及澳洲等也都有航空公司相繼採取類似停飛，美國聯航甚至到2月8日為止還連北京上海乃至香港都停飛。甚至北京自己都停開香港連結本土的高鐵。
中國自己也停開到日本的2000次班機及郵輪等，但只有日本的航空公司連日還照常飛中國，日本各界很擔心陸客隱藏自己的病情而都趁機來日本，反正還有日本航班可以搭。
因為武漢原本就醫院不足，如同在東京發病的女陸客所說「在武漢看診要排隊，在日本不用」；日本現在最擔心封城前500萬人離開，其中很多人會大量來日本就醫，因為從中國國內顯示有相當人數跑到國外，對象國家就是泰國、新加玻及日本。
中國雖然禁止團客出國，但沒有禁止個人旅行，也因此許多中國人可能看中日本醫療而來日本，原本中國就有很多人是來日本就醫旅行，日本政府甚至發給中國「醫療居留簽證」，2018年的1650件中84%都發給中國人，而且許多陸客還用短期商務護照或假依親等來享受日本國民健康保險服務，已經讓日本國民非常生氣，而這次要湧進來的會是大量傳染病患者，想了就恐怖，也怪不得會開始謠傳有東奧不會辦的事了。
這是因為「BUZZAP！」電子報報導國際奧委會（IOC）跟WHO協商，德國媒體引用等，整個網路傳來傳去，推特就有5萬多件如此說，而且感覺狀況的確緊張如此，傳到東奧組委會只好出面澄清沒有停辦念頭
令日本人更頭痛的是日本現在到處的藥妝店、超市的口罩都被陸客掃光了，日本人自己都買不到，被媒體形容是中日口罩爭奪戰；雖然日本靜岡一處生產日本口罩達7成的工廠已經決定加緊生產，1月中旬後的2週已經生產1個月份的3600萬張，但還是不夠；各處藥妝店等只要在店頭一擺出來，就有陸客來掃，限購也難不倒他們，也因此昨天還有賣的店家，今天都很快貼出沒貨的道歉牌子了！短期之內，口罩爭奪戰還打不完吧！
東京家電店店員被要求戴口罩接客，也貼出是因為武漢肺炎的說明。 圖：劉黎兒／攝
東京藥妝店早上還有的口罩，中午就被陸客掃光，陸客需求宛如無底黑洞。 圖：劉黎兒／攝
