1979年12月10日當天晚上大規模的警民衝突，到了半夜十二點，憲警的催淚瓦斯，民眾的磚塊、石頭、棍棒齊飛，緊接著到了逮捕的前夕，媒體所呈現的就是被打破的頭盔以及警察受傷，民眾的棍棒和石頭，被當成犯罪的證據。美麗島事件如果定位為「警民衝突」就很單純，而如果是當成一個「叛亂事件」，就是複雜的政治事件，不幸地，當局採取的是後者。
那天晚上的當事人施明德、康寧祥等人也知道，這樣的警民衝突以當時朝野對立的氣氛來說非常不妙，所以當天晚上互相通知到台南大飯店集合，研商如何收拾殘局，除了決定寫聲明，並建議雜誌社撥款20萬慰問受傷警民來善後。可是緊接著11、12、13號，這兩、三天的媒體是非常不友善，不斷誇大憲警受傷情況以及警政署長的慰問，台視的「新聞評論」主持人丁中江，竟在節目中發起一個自願犧牲的吳鳳運動，他要擔任吳鳳以生命喚起暴徒良知。12月12日「反台獨」專家蔡鐘雄接受中國時報訪問，提出「共匪／台獨／黨外」三位一體關係的說法。全台灣的輿論界就這樣推波助瀾，為13日的大逮捕營造氣氛。
事件後不到一個月 美麗島人被捕45人
12月13日的清晨展開大逮捕，最大的一波是在台北市信義路義光教會所在，也就是林義雄的住宅，裡面住了陳菊、施明德、艾琳達等好幾個人，所以從凌晨五點多到八點多依序為：陳菊、林義雄、呂秀蓮、張俊宏、周平德，王拓、紀萬生、魏廷朝、楊青矗、陳忠信、姚嘉文、邱奕彬等人被逮捕。而施明德則身著睡衣機靈的從二樓脫逃，黃信介則是因為具備立法委員身份，必須經過立法院院會通過，所以14日上午經立法院的秘密院會同意之後，予以逮捕。
陸續還有16日陳博文、邱茂男、范政祐等三人被捕，19日美麗島高雄服務處人員楊文章等十六人到案。1980年1月8日施明德被捕以後，根據2月20日警備總部宣布的數字，高雄事件在押嫌犯四十五人，黃信介等八人由軍事檢察官以叛亂罪提起公訴，同案被押之另三十七人移送司法機關起訴。其中特別值得注意的是1979年12月20日，司法行政部調查局檢送一份「1210專案偵訊工作指導綱要」給警總保安處、憲兵司令部情報處和警政署刑事警察局，總共有四個場所分頭進行偵訊，所以要統一口徑，並提醒在偵訊的過程中的注意事項。
企圖把黃信介打成「通匪」 籌錢是為了資助台獨
偵訊要領在於「先求偵辦暴亂部分基礎之穩固」、「續求叛亂部分追訊之落實」。所謂暴亂就是要將當天對憲警施暴的這些事實抓緊，而他們的做法是為了叛亂、為了顛覆政府，所以必須要找到相關的證據。這些被逮捕的人又分為兩類，一類是共匪、一類是台獨，屬於共匪這類的包括：黃信介、蘇慶黎、王拓、陳忠信；屬於台獨的則有：姚嘉文、林義雄、陳菊、張俊宏、呂秀蓮、張富忠、魏廷朝。從客觀的言行來看，黃信介、蘇慶黎、王拓等人雖然曾經有一些左傾或是比較屬於社會主義的言論，可要說他們是共產黨其實太過牽強，所以偵訊綱要也是初期這樣說，真正的起訴書並沒有把他們分這兩類。
總之從戒嚴時期的政治案件來講，確實有分兩類，一類是跟共產黨有關；一類跟台獨有關，關政治犯的綠島綠洲山莊的牆壁上就有兩句標題，一句是「共產即共慘」；一句是「台獨即台毒」，可見政治犯被分為兩類──紅帽子和白帽子，只是要用在美麗島的當事人身上比較牽強，因為這群人的政治立場很難說有共匪的嫌疑。不過，當局在偵訊過程中，確實也把一個去過中國、接觸過政協副秘書長楊斯德的彰化商人洪誌良，與黃信介有五十萬元的借貸關係，做為證據來建構黃信介「通匪」的罪狀，目的卻是「充實『台獨』叛亂經費」，就是用這種連結關係。
慘絕人寰的林宅血案
在偵訊過程中，更嚴重的是2月28日發生了慘絕人寰的林宅血案。因為施明德是1月28日被捕，真正的軍法大審是在3月18日，2月28日偵訊已經基本告一段落，居然發生了林宅血案。當天剛好在景美的軍法處有開偵察庭，家屬可以出席旁聽，於是林義雄的太太方素敏就去景美軍法處旁邊，因為家中還有一位老阿嬤和三個年幼的女兒，中午時打電話回家卻無人接聽，於是請林義雄的助理田秋堇去信義路的家中看看怎麼回事。結果田秋堇到了林宅後，發現大女兒受傷趴在床上奄奄一息，緊急送仁愛醫院救治，老人家和另外兩個小的女兒則是在往地下室的樓梯口被發現，結果三人都沒有生命跡象，這個案子到現在都沒破案，林宅血案因為死亡的是老阿嬤和兩位稚齡的孩子，受重傷的是奐均，所幸最後被救回。奐均後來學音樂並與美國一位牧師結婚，在日後紀念林宅血案的2月28日紀念會上，常表演鋼琴等音樂節目。
在美麗島事件的過程中有這樣一件意外的事情，所以多年來在台灣紀念228的活動，除了紀念1947年的二二八事件之外，1980年的林宅血案也是另一次的228事件，在林家墓園有另外一個小規模的紀念會。
美麗島事件，又稱「高雄事件」。是指1979年12月10日，以美麗島雜誌社成員為主的黨外人士，在高雄所舉辦的集會遊行，結果當晚爆發嚴重的警民衝突，接著執政當局開始大肆逮捕黨外人士，包括：黃信介、張俊宏、施明德、姚嘉文、張俊宏、林義雄以及陳菊、呂秀蓮…等上百人，雜誌社並隨即遭到查封…。
