近年國內大學接連發生校長遴選爭議，台大校長遴選更是風波不斷，多位教育部長因此下台。教育部預告修正「國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法」，內容包括賦予校務會議解散遴選委員會之權。對此台大表示，「大致可以接受」，辦法出爐後也將依法行政。
現任教育部長潘文忠於今年1月14日上任後，承諾將在6個月內檢討相關機制。教育部本月23日預告「國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法」，新增多項規定，包括賦予校務會議解散遴委會的權限，遴委會委員以連續2任為限、候選人資格的審核程序、候選人應揭露事項等。
台大主秘孫效智指出，從遴選嚴謹性的角度來看，教育部的修正草案大體上可以接受，與去年4月11日公布的草案版本相較，也有許多進步。鑒於當時台大遴選委員及候選人的諸多爭議，此次修法也修正有關遴選委員及候選人之間應揭露關係的詳細規定，以及遴選委員迴避的具體作法與機制。
孫效智說，這些規定或過於細瑣而有矯枉過正之嫌，但國立大學若依其修改校內法規並於遴選過程中確實執行，當可避免不必要之爭議。一個比較小的問題是草案第3條第2項，該項提到的學術成就認定似乎與教育人員任用條例第10條第1項第1款第3目之規定不相符合，不過，這個問題不是很嚴重，總之這部遴選辦法的生效，讓國立大學未來之校長遴選有了具體的依法行政基礎。
關於校長遴選，孫效智表示，台大向來秉持依法行政原則，這次教育部公布國立大學校長遴選辦法修正草案，等草案生效後，學校當據以修正校長遴選委員會組織及運作要點，並建議遴委會依之修正遴選作業細則。
