前總統馬英九日前拋出未來政府可考慮把行政院併入總統府的憲政改革議題，參選民進黨總統初選的前行政院長賴清德今（6）日則回應，馬英九將總統制與內閣制混為一談，且承諾他若當選總統，將立刻啟動憲改，他（賴）不會像馬一樣，「在任時將就行事，卸任了再言改革」。
賴清德下午在臉書發文【 回應馬英九：我會憲改，但不是像你這樣 】，該文有兩個重點即：1. 現今的憲法設計出現漏洞：總統可以間接指揮行政部門，卻不必受立法院監督。2. 若當選總統，我將啟動憲改。
賴清德在文中明白說明「台灣的中央政府體制，有嚴重的結構問題。不僅馬英九前總統，我擔任行政院長時，也非常有感。」因為依照台灣的憲法設計，行政院長由總統任命，聽令於總統，擁有最高行政權，並且對立法院負責。總統雖不能直接指揮行政部門，卻可以透過各種 黨政會議、兼任黨主席等方式，間接指揮行政部門。一件事兩人做，效率就容易低落，應變能力也不足，卻不必受立法院監督。
因此，賴清德回應馬英九指出，「總統制的精神是三權分立且制衡，內閣制是行政、立法一體，您卻將兩種制度混為一談。憲改何等重大，我不會重蹈馬總統覆轍，若我當選總統，我會即刻啟動憲改工程，一步一步帶領台灣走向更好的未來」。
