台灣政府體制有權責區分不明的問題，前總統馬英九今（4）日在台大社科院「第十屆半總統制與民主學術研討會」中建議，希望未來將現行的半總統制改成總統制，行政院直接併入總統府，總統即行政院長。如此一來，總統就必須直接對國會負責，並直接「直球對決」回應民意。
馬英九指出，民眾分不清楚國防、外交與兩岸等政策在慣例上的職權分配，只會認為「既然我選你，就必須要負責」，依照國家安全法，重要國家政策是總統職責，但當選後總統不出席行政院會，行政院又是全國最高行政機關，導致總統對國情資訊掌握不完整。
馬英九建議，如果未來有機會調整中央政府體制，應該將行政院併到總統府，變為一府四院，但實際還是施行五權分立，這時總統職責就是行政院長，每年2月和9月都要到立法院進行施政報告，如此一來總統才可掌握國情資訊，並直接「直球對決」回應民意，做出該做的決定。而此時立法院已無閣可倒，因此也就沒有倒閣權。
馬英九接著說，修憲程序複雜困難，他不是主張立即修憲，只是希望大家可以思考現行中央政府體制的權責問題。
針對馬英九的建議，現場與會者提問，如果有政黨完全執政，國會就無法達到對行政權的監督與制衡效果，該怎麼辦？馬英九回應，監督機制出問題不能怪總統，是因為選舉沒有選好，但是像地方政府出現這種問題時，議會對地方政府的監督力量雖不強，但不至於到無法監督。
談及馬英九在總統任內兼任國民黨主席一事，馬英九解釋，當初並不願意接任黨主席一職，是因為黨內有人抱怨，總統不是黨主席連帶影響閣揆在黨內政策溝通出現困難，他才決定兼任，並不是想要「黨政一體」，而是要「以黨輔政」。
