促進轉型正義委員會日前向國安局調閱陳文成命案、林宅血案、美麗島事件等21件檔案，結果多數都被國安局以「永久機密」為由拒絕提供，民進黨立委段宜康質疑「難道要讓外界以為總統府支持國安局做法，應將這些檔案永久保密？」對此，總統府發言人黃重諺指出，總統蔡英文已經指示總統府秘書長陳菊、國家安全會議秘書長李大維，召集相關部門研議後續處理事宜。 

促轉會日前召開記者會表示，在去年向國安局調閱的21件檔案裡，僅拿到1件公務機密。促轉委員葉虹靈則說，無法公開應用的檔案，影響促轉會還原歷史真相的業務，未來促轉會將與國安局持續協調，未來也有賴「政治檔案條例」立法予以解決。

段宜康更在立法院司法及法制委員會的會議上表示，即便國安局將檔案核定為永久機密，總統府身為國安局的原機關或其上級機關仍能依照職權，視情況將其解除機密或變更等級。不解已經過了30多年，究竟有什麼重要的情報來源不能解密？

黃重諺於今(12)日表示，實現轉型正義與守護國家安全都是蔡英文就任後最重要的任務與承諾，兩者間並無必然衝突，蔡英文「非常關切」有關國安局檔案的解密爭議，更強調作為民主法治及落實轉型正義的國家，把該還原的真相逐一釐清，是政府應負的責任。

黃重諺指出，在蔡英文指示下，國家安全局的上級機關國家安全會議將即依據《國家機密保護法》及《促進轉型正義條例》等法律規定，督導國家安全局逐案重新檢視檔案的機密等級與保密期限，在兼顧轉型正義及國家安全的前提下，經過近四十年時空環境變遷後能夠解密的檔案，將依法予以適當處理。