前行政院長賴清德挑戰民進黨黨內的總統初選，將和總統蔡英文競爭2020，對此黨內人士憂心重重，部分地方黨部主委發起連署，期盼黨中央召開臨時全代會，暫緩初選程序，而立法院副院長蔡其昌今 (3) 日受訪時表示，黨內有制度，制度讓蔡英文沒有現任優先的保障，也讓地方黨部主委有權提案，但他坦言，倘若召開全代會否決總統候選人，或直接徵召蔡英文，政治上的效應難以評估，「我認為會有很大的衝擊」。
蔡其昌與民進黨國際事務部主任的立委林靜儀今日接受電台節目專訪，聊起外界傳言黨內人士可能會依照提名條例中的「霸王條款」，否決賴清德挑戰總統大位，對此林靜儀回應，卓榮泰已說過這很困難，黨有黨的制度，必須照著制度去運作，包括協調期、初選等期程，另一方面，黨的制度裡面本來就授權縣市黨部提案權，而黨中央也有責任得協調、趕快把事情折衝下來。
林靜儀也強調，這也是為什麼進入到總統候選人初選階段，黨中央定調是，請大家冷靜、好好的協調，就她從旁觀察，目前主事者都比較冷靜，但是支持者這邊，擔心的較多。
賴清德所屬新潮流體系，可是參與初選的決定上卻沒有得到同體系的人士支持，包括總統府秘書長陳菊、桃園市長鄭文燦，都反而力挺蔡英文連任，主持人周玉蔻也詢問，是賴清德做人失敗嗎？蔡其昌則緩頰道，這答案很簡單，如果今天蔡英文作奸犯科、貪污舞弊，很自然大家會去挑戰，也不能說她沒做錯事，而是「她面對做錯事的態度是什麼」，蔡英文馬上做了調整，任命最不可能的蘇貞昌當行政院長。
而蔡其昌還提到，蘇貞昌上台後，明顯很多政策開始接地氣，發言人反應速度也變快，整個政府運作模式，過去很多權力是在總統府，現在幾乎回到行政院，充分授權行政院去衝，調整速度很快，在外交國防上，蔡英文讓台灣的能見度大幅提升，與沒有邦交的大國，實質往來非常密切。
蔡其昌自己也表態道，他支持蔡英文繼續連任總統，這講兩百多遍了。目前「蔡賴配」是黨內覺得最兩全其美的想法，蔡其昌認為，他也覺得很好。可是若蔡賴配不成，賴清德又不退出會怎樣，蔡其昌只回應，「那就照制度走」。
