2018台北市長候選人辯論今（10）日於公視登場，交互詰問階段，無黨籍候選人李錫錕質疑柯文哲2006年博士論文關於「無心跳器官捐贈」爭議，以及候選人對於嚴重災害的應變。柯文哲回應，葉克膜是相當專業的題目，要詳細解釋很困難，但他批打他器官移植的都犯了戰略錯誤，「你們到底是在打柯文哲，還是打台大醫院？」他也強調，「整個醫療過程，通常不是單一醫師可以決定」。
交叉詰問時，李錫錕詢問，有學弟學妹問他，柯文哲博士論文2006年關於「無心跳器官捐贈」問題，當時2002年是不合法，到了2017年才合法，以及當時還在手術加入藥物，質疑是加工死亡，希望柯能解釋清楚。
第二個問題，台灣成為中美台國際衝突的漩渦，害怕首都台北市有沒有可能發生類似911的動亂、災變，或嚴重地震、強降雨，身為首都市長，這些人都有可能是市長，萬一碰到這類事件的緊急應變？
柯文哲回答時，提到葉克膜這是太專業的題目，要在這做詳細解釋很困難，但這段時間，他認為凡是打他器官移植的，都犯了戰略上的錯誤，「我當年是在台大醫院外科當加護病房主任，整個醫療過程，通常不是單一醫師可以決定」。
柯文哲指出，像是器官移植，有門診、手術、術後照顧，他負責的是只有加護病房那一部分，不管打器官捐贈、葉克膜，「你們犯的戰略錯誤是，你現在是在打柯文哲，還是打台大醫院？」所以為何當初葛特曼事件時，整個府院黨都跳出來說不要再打，尤其行政院長賴清德，他本來就是醫生。
柯文哲強調，一個醫療體系運作，其實打聽就知道，這是台灣政治一個很大問題，這種莫名其妙的事情，怎麼有辦法抹黑、抹黃、抹紅，亂打一通，考驗台灣人民智慧，從MG149、葛特曼案，作為醫界一份，不知道怎麼回答這問題。最後，柯又重申「你們到底是在打柯文哲，還是打台大醫院？」
對於災害演習，柯文哲表示，北市府都有定期演習，更擴大到六軍團都出動，不過可以準備到一個程度，這種極端氣候變遷，還是要很多準備。
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