今年（2018）5月台南市府接獲日菸公司前員工舉報，表示日菸將過期菸品重新包裝販售，而市府未嚴格開罰；昨（3）日又爆日菸向財政部取回試營運期繳的1300萬關稅，被批官商包庇，台南市政府與日菸發表聲明，強調勿不實指控。
台南市政府表示，關於日菸竄改菸盒日期的爭議，市府在接獲檢舉後，即進行稽查並裁罰。按菸酒管理法、菸酒查緝及檢舉案件處理作業要點第一次違規，裁罰日菸公司3萬元。由於菸草有效期限目前法規尚無明文規定，市府也將建議中央修法，明訂管理方式。市府強調，絕無包庇，請勿不實指控。
至於退稅一事，關務署官員表示，根據菸酒稅法規定，菸酒稅屬於單一階段課徵的特種消費稅，於菸酒出廠或進口時課徵。一般菸商若在國內有設廠，在進口菸絲時，可申請免菸稅及菸捐，等到出廠時再繳即可。因此，日菸公司聲明，由於同一批原料與成品重複繳納菸稅、菸捐，公司才依法申請復查，主管機關歷時一年的嚴謹審核後，才退還重複課稅，並非退回關稅。
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