台北市長柯文哲對於前瞻基礎建設計畫中的基隆輕軌意見甚多，交通部對此發布新聞稿指已與台北市政府相關單位進行溝通協調；柯文哲今 (21) 日出席2017台灣美食展開幕典禮後回應，不是講個話就叫溝通，溝通要有結論才叫溝通。對於基隆輕軌終點站設南港展覽館一事他向交通部表示「不來遷就我，你會更倒楣！」

柯文哲說，基隆輕軌終點要設在南港展覽館站或南港站，都可以討論，不過要事先協調。他表示，當初台北市東區門戶計畫中，台鐵、高鐵、捷運、公車轉運站都設在南港站，現在交通部將基隆輕軌終點站設在南港展覽館站，讓東區門戶記畫破局，他表示呆掉了。但他也說，交通部如果不遷就將終點移至南港站，「你會更倒楣！」

柯文哲表示，如果有事先協調，他都沒有意見，不該是先編預算再編計畫，他指出，最大的問題就是框出來的82億多預算是怎麼出來的?現在先編預算，將來一定是追加預算「我會非常有意見」。

台北市捷運工程局表示，針對基隆輕軌如何進入台北市區及設站點位，截至目前為止，未接獲交通部鐵改局通知進行路線方案相關工程技術及界面溝通協調會議。