行政院核定前瞻基礎建設第一期經費，台南市軌道建設僅列30億元，台南市新聞處長許淑芬對此表示，主要原因是相關建設尚在可行性報告審查階段，階段性審查和預算編列將尊重交通部。
台南市交通局說明指出，台南市先進運輸系統將完成大台南「捷運化公共運輸系統」的最後一塊拼圖。其中行經市區的綠線與藍線已通過可行性研究評估，預計109年設計發包，114年通車。行政院前瞻基礎建設已核定2案，但第一期預算只有藍線綜合規劃費用1500萬，因為這是屬於後期的工程預算，並非無台南輕軌之預算。
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交通局規劃的「綠線─府城橫貫線」與「藍線─中華環線」二條路線，綠線起迄點為平實轉運站─永華市政中心，約11.9公里，行經東區、北區、中西區、安平區；藍線起迄點為永華市政中心─平實轉運站，以環狀線路規劃，約27.3公里，行經東區、北區、中西區、安平區、南區、仁德區。
綠線與藍線二條單軌路線系統型式採高架跨座式單軌系統，優點是可滿足台南交通及道路路幅窄、街廓短的特性，工程期較短，建設成本較低，對都市景觀及環境衝擊較小，亦較符合未來都市旅運需求。
至於目前受爭議的綠線，主因是行經市定古蹟湯德章紀念公園，有民眾質疑高架輕軌會破壞古蹟及周邊天際線，後續還要再努力研議，希望能找出最好的規劃。
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立委陳亭妃也強調，很多人誤以為前瞻計畫第一年的軌道建設預算，台南的輕軌（先進運輸系統）被拿掉了，經她向行政院取得預算編列資料顯示，行政院針對台南已編列第一期預算的圖表（今年9月至明年12月），除了鐵路地下化、鐵化立體化延伸至善化、還有先進運輸系統藍線，台南輕軌並沒有被拿掉。至於外界質疑第一期預算沒有綠線，行政院的說法，是因為綠線的路線規劃，中央與地方還在討論中，待路線確認，一定會立即協助。
