前台北市長馬英九任內辦理的台北市捷運局木柵線木柵站土地聯合開發投資案，因高估投資人的建物貢獻總成本，在進行權益分配時，損及台北市政府權益共計3千多萬元。監察院13日認定，有明顯違失，通過對北市府捷運局糾正案，並要求北市府於2個月內議處相關失職人員。對此，台北市長柯文哲14日受訪時指出，以前的事情就依法行事，他關心的是，以後是否可以依照新制定的SOP制度去走。

對於監察院13日公佈的糾正案結果，柯文哲上午受訪時表示，他常講面對問題是解決問題的第一步，「我也知道以前那一大堆…我也不知道怎麼講….爛帳」，這就是為什麼後來他要提出聯開案的新SOP，就是希望建立新制度，公開透明、合理合法，讓公務員可以勇敢執行公務，不要讓政府的利益都讓財團拿去。

至於此案遭監院糾正，柯文哲說，以前的事情也不好評論，至少要確定新的制度建立後，往後走有沒有問題，這才是他要負責的。如果要問他之前的事情怎麼辦，「了不起我就說依法行事」，他比較關心的是，以後是否就可以比較合情、合理、合法的運作新制度。