台北市長當選人柯文哲日前與宜蘭縣長林聰賢會面，達成北宜直鐵應該走最短路線興建，也就是直接穿越翡翠水庫集水區的共識，引發外界批評聲浪不斷。台北翡翠水庫管理局今(9)日表示，北宜直鐵選線為專業嚴謹之過程，北宜直鐵如直接穿越水庫集水區將對水庫水質、水量及淤積等造成不可回復之破壞；因此，為大台北水源安全與永續利用，翡管局認為北宜直鐵應避開翡翠水庫集水區。
繼日前拆除忠孝西路公車專用道、撤派出所議題引發外界爭議後，柯文哲日前漢林聰賢會面時，提到北宜直鐵一事，達成北宜直鐵應該走最短路線興建，也就是直接穿越翡翠水庫集水區的共識，引發外界批評聲浪不斷。翡管局今日表示，北宜直鐵路廊選線為專業綜合評估之結果，相信本次定線之「南港-大溪線」，已經是兼顧確保未來雙北600萬市民用水安全與東部交通發展之最佳方案，未來應儘速朝此一方向大力邁進，以完成本島一日生活圈之政策目標。
交通部鐵工局今年召開北宜直鐵路線評選會議時，曾提供2條路線方案，「路線1」從南港穿越翡翠水庫集水區至頭城，工程經費506億元，行駛時間縮短至37分鐘；「路線2」從南港經平溪、雙溪到宜蘭大溪，再接舊鐵道至頭城，在烏石港增設簡易站，工程經費480億元，行駛時間47分鐘。
翡管局表示，如採原方案一(南港至頭城)路線，由於直接穿越水庫集水區等環境敏感區域，並需開鑿總長達31.6公里之隧道群，最長隧道長13.6公里，甚至較目前國內最長之雪山隧道(12.9公里)更長，對於翡翠水庫之水量、水質以及淤積都會造成相當之影響。
翡管局也以當年國道5號北宜高速公路的開發經驗為例指出，施工期間造成翡翠水庫水質共發生46個月總磷測值達優養等級，卡爾森優養指數(CTSI)超過優養化也高達10個月，代表水質嚴重惡化。
翡管局表示，北宜高速公路於1991年至2006年施工期間，翡翠水庫平均年淤積量高達88.21萬立方公尺，於2006年完工通車後，2007年至2013年水庫年平均淤積量明顯降低至33.86萬立方公尺，顯見北宜高速公路確實是造成水庫淤積量大增的主要元凶，對於已造成翡翠水庫庫容減損、有效蓄水量的降低，均難以回復。
翡管局再次表示，北宜直鐵路廊是經過專業、審慎評估決定，而通過翡翠水庫集水區之方案一於2006年即經環評以通過多個水質水量保護區、特定水土保持區、斷層等環境敏感區域，而認定為「不應開發」，如再提類似方案，恐無法通過環評檢驗。
