中研院副研究員黃國昌參與太陽花學運引發爭議，根據《自由時報》報導，中研院在6月發布1份公文，「提醒」研究人員不要違反《公務人員行政中立法》。黃國昌今(8)日在臉書指出，中研院一向要求「公教分途」，因此「中研院不應向掌權者低頭」；他強調，「在中研院被界定為總統幕僚的那一天，就是我離開中研院的一天。」
據《自由時報》報導，中研院在6月份發出公文，提醒研究人員也是「公務員」，因此適用於《公務人員行政中立法》，得依規定請假，也不得發起遊行或領導連署。此舉，引發研究人員不滿，駁斥研究人員與公務人員的任用等制度都不同，怎能一併適用同法？
對此，黃國昌批評，2009年夏天，國會通過了一部相當糟糕的《公務人員行政中立法》；當時，中研院翁啟惠院長組織了一個修法小組，由瞿海源教授領銜，加上黃國昌也擔任執筆人，共同對政府提出修法建議，他們提出的修法建議書認為，政府應依不同公務員掌握的不同權力、資源及職務內容，來分別規範應遵守的行為。
不過，黃國昌說，當時馬政府反對修法，中研院也沒有堅持，因此此事無疾而終。但他強調，推動「公教分途」一直是中研院的既定立場，《科學技術基本法》更是清楚揭示此項理念，甚至在總統馬英九在第一次提名考試院長時，提名的重要理由就是推動公教分途。
黃國昌抨擊，馬政府或許是因為自己種種暴政虐民的行徑，引發太多知識分子反彈，不僅大開倒車，更開始透過一些欠缺基本素養的政客充當打手，試圖壓抑學者針砭時政。他認為，政客見風轉舵，昨是今非，在台灣或許已經見怪不怪；不過，若連中研院都因為遭受政治壓力而轉向，絕非國家之福。
黃國昌也清楚表達決心，「在中研院被界定為總統幕僚的那一天，就是我離開中研院的一天。」
而針對外界的批評，中研院則澄清，這次發文只是要提醒研究人員適用《公務人員行政中立法》，其中的第9條，「公務人員不得為支持或反對特定之政黨、其他政治團體或公職候選人，從事下列政治活動或行為」中的第3款，「主持集會、發起遊行或領導連署活動。」但不是禁止研究人員參與所有連署活動，只是禁止為政黨團體、公職候選人連署，其他民間團體都不在規範內。
另外，中研院也指出，該法也只限定不得「領導」連署，因此只是參與的話，中研院仍會尊重研究人員的個人活動。
