學生反黑箱服貿的抗議持續延燒，已獲得國、內外媒體的關注，甚至中研院長翁啟惠也寫信向總統馬英九提出諫言；翁啟惠昨（26）天到輔仁大學參加活動時指出，「我不知道是不是黑箱（服貿協議），但整個過程我是覺得可以更透明、更多的溝通。」
翁啟惠表示，幾位大學校長希望他幫忙，因此，25日特別寫信給馬英九總統，希望總統能傾聽各界聲音；內容主要有3個重點，第1，學生做出激烈的運動，是關心社會國家的發展，具有理想性，但訴求可能沒有得到好的回應，所以在運動上越來越激烈，學運不是為學生自己，而是為了社會和國家更好，但也提醒學生要注意安全和法律的界線。
第2，呼籲馬總統能夠真正了解學生這麼激烈運動背後的原因，並加以檢討，有可能是學生對國會運作及政府決策不夠透明，再加上對媒體失望，所以決定自己來，要讓民主發展得更完美，必須進一步檢討決策過程機制。
第3，政策決策的程更透明，盡量溝通、傾聽不同意見，將不夠周延的地方修正後，讓政策更完美，否則未獲多數人支持的政策，將會付出很大的社會代價；相信以馬總統的高度與智慧，他有信心會做適當處理。
媒體也問翁啟惠對於服貿協議的的看法，翁啟惠則回應，他不知道服貿協議是不是黑箱，但整個過程應該可以更透明、更多溝通、更加謹慎；因為國家對國家之間或對外的協議，簽了以後很難修改，但簽之前的大方向，應該讓大家知道、讓大家討論。
